untrackeファイルについては、git checkout .
で削除できないため、調査
$ git clean --dry-run
# 削除されるuntracked filesを表示
$ git clean -d --dry-run
# 削除されるuntracked files%&directoriesを表示
$ git clean -df .
# カレントディレクトリ配下の untrackedファイルとフォルダを削除する
untracked ファイル(-d: ディレクトリも含め) を 強制的に(-f) 削除する