役に立つ人がいるかもしれないので簡単にメモ
いろんなサイトを見るとxcode-select --installをすると治るのらしいですが、治りませんでした。
brew doctor
とりあえずbrew doctorして指摘された点を全部なおす。
このサイトを参考にすればいけました。
追加のSDK
ここに書いてあるように
sudo installer -pkg /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg -target /
これを実行するとインストールができるようになりました。