PyMOL tips

show Periodic Boundary Cell (PBC)

MDのPBCを視覚化したいときに使う。
なお，VMDでは，tkconsoleでpbc boxで同じことができる。

show cell

• ref. https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/35537986/

make an image schematic

イラストや模式図を描きたいときに使える。

set ray_trace_mode, 3 # (or 1 or 2; best with "bg_color white;set antialias,2")

set ray_trace_mode, 2

set ray_trace_mode, 3

• ref. https://pymolwiki.org/index.php/Ray#Modes

set user's preference

WindowsでもLinuxでも，ユーザのホームディレクトリに，.pymolrcというファイルを作成し，中にコマンドを書いておくと，pymolを起動したときに自動で実行される。

• 例

~/.pymolrc

import os
os.environ["http_proxy"] = "http://111.11.11.11:1111/"
os.environ["ftp_proxy"] = os.environ["http_proxy"]

set h_bond_cutoff_center, 3.5
set h_bond_max_angle, 30

set cartoon_ring_mode, 3
# set cartoon_ring_finder, 1
# set cartoon_ladder_mode, 1
# set cartoon_nucleic_acid_mode, 4
set cartoon_ring_transparency, 0.5

# Extending colors with color-blindness friendly color palette
# References:
# http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/html/color_cb/#pallet
# https://personal.sron.nl/~pault/colourschemes.pdf
set_color cb_blue, [51, 34, 136]
set_color cb_tan, [221, 204, 119]
set_color cb_lightblue, [136, 204, 238]
set_color cb_green, [17, 119, 51]
set_color cb_teal, [68, 170, 153]
set_color cb_gold, [153, 153, 51]
set_color cb_salmon, [204, 102, 119]
set_color cb_red, [136, 34, 85]
set_color cb_pink, [170, 68, 153]

set stick_radius, 0.2
set orthoscopic, 0
set overlay, 1
set spec_reflect, 0
set ray_shadow, 0

log_open log.pml, mode=a