こちらの投稿のようにプロジェクトを MultiDex にしたのですが、ビルドがすごく遅くなってしまいました。下記のことを実施することで(環境によると思いますが)自分の場合は２分近くかかってたものが１分ぐらいになりました(まだまだ遅いですが..)

1. Gradle のバージョンを上げた

もともと 2.2.1 だったものを 2.8 にしました。

gradle-wrapper.properties

...

distributionUrl=https\://services.gradle.org/distributions/gradle-2.8-all.zip

こちらは効果あるか分かりませんが、ついでにプラグインのバージョンも最新にすると良いかも。

build.gradle

buildscript {
...

    dependencies {
        classpath 'com.android.tools.build:gradle:1.3.0'
    }

...

2. MulitDex に関するオプションを指定した

build.gradle

android {
...

    dexOptions {
        preDexLibraries false
        javaMaxHeapSize "2g" // ヒープの最大を 2GB にする
    }

...
}

MulitDex とは直接関係ありませんが。

以上