【SATORI v0.28.1】190スキル 逆引き辞書 完全索引

はじめに

SATORI は GitHub Copilot 上で動作する、190 の専門スキルと 50 の統合パイプライン（26 ドメイン + 15 クロスドメイン + 5 インダストリー + 4 メソドロジー）により、仮説構築から論文出版まで、あらゆる科学研究ワークフローを自動化するフレームワークです。

本記事では 190 スキルの逆引き辞書（Reverse Index） を提供します。ToolUniverse API キー、成果物パス、参照関係、トリガーフレーズから目的のスキルを素早く検索できます。

SATORI とは

SATORI（悟り） は禅仏教における「直観的な覚醒（awakening）」を意味する。段階的な学習（漸悟）ではなく、一瞬にしてすべてを理解する体験だ。

この名前には二つの意図がある。

第一に、AI Agent への知識注入のメタファー。 人間の科学者は何年もかけてドメイン知識を蓄積するが、npm install @nahisaho/satori の一行で、AI Agent は 190 のスキルを一瞬で「悟る」。教科書を 10 年読む代わりに、構造化されたスキルファイルが Agent に「悟り」を与える。

第二に、バクロニム（逆頭字語）としての設計。

Scientific Analysis Toolkit for Organized Research Intelligence

「科学分析のための、体系化された研究知能ツールキット」。名前が機能を説明し、機能が名前を体現する。

なぜ「悟り」なのか

AI Agent が代替できる業務は 88% だ。残る 12% ——研究の問いの設定、実験の意思決定、査読対応の戦略、研究倫理の判断——これらは 人間にしかできない。

禅の「悟り」は、知識の蓄積ではない。本質を見抜く力 だ。

SATORI は Agent に知識（88%）を与える。人間は本質（12%）を見抜く。この役割分担こそが「悟り」の構造であり、Co-scientist の設計原理 だ。

逆引き辞書の概要

SATORI v0.26.0 — 2026-02-15 生成

指標	件数
スキル数	190
ToolUniverse 連携スキル数	190
ToolUniverse キー数（ユニーク）	93
成果物パス数（ユニーク）	648

使い方

4 つの逆引きルート

1. ToolUniverse の key からスキルを探す → ToolUniverse key → スキル
2. 手元の results/*.csv から生成元スキルを探す → 成果物パス → スキル
3. あるスキルがどのスキルから参照されているか → 参照関係（逆引き）
4. トリガーフレーズからスキルを探す → トリガーフレーズ → スキル

@[toc]

スキル一覧（アルファベット順）

全 190 スキルをアルファベット順に掲載。各エントリの末尾に ToolUniverse 連携キーを記載（該当スキルのみ）。

A–C（37 スキル）

• scientific-academic-writing — 科学技術・学術論文の執筆スキル。IMRaD 標準、Nature/Science 系、ACS 系、IEEE 系、 Elsevier 系のジャーナル形式に対応した論文構成・セクション設計・文章パターンを提供。 「論文を書いて」「Abstr...
• scientific-active-learning — アクティブラーニング (能動学習) スキル。不確実性サンプリング・ Query-by-Committee・期待モデル変化・プール型/ストリーム型・ バッチアクティブラーニング・停止基準判定・ モデル改善パイプライン。
• scientific-adaptive-experiments — 適応的実験計画スキル。多腕バンディット (Thompson Sampling/UCB)・ ベイズ適応設計・逐次検定 (SPRT)・ Response-Adaptive Randomization・早期停止規則。
• scientific-admet-pharmacokinetics — ADMET 予測・薬物動態モデリングスキル。吸収(A)・分布(D)・代謝(M)・排泄(E)・毒性(T)の 包括的予測パイプライン。DeepChem/ADMET-AI/PyTDC を活用した分子特性予測、 PK/PD モデリング、ドラッ... （TU: pubchem）
• scientific-advanced-imaging — 高度バイオイメージング解析スキル。CellProfiler によるモフォロジカル プロファイリング・Cell Painting 解析、Cellpose による深層学習 セルセグメンテーション、napari によるインタラクティブ 3D...
• scientific-advanced-visualization — 科学データ高度可視化スキル。Plotly インタラクティブ 3D ・ Altair 宣言的可視化・Seaborn 統計プロット・ アニメーション・Parallel Coordinates・出版品質図。
• scientific-alphafold-structures — AlphaFold 構造予測スキル。AlphaFold Protein Structure Database REST API による予測構造取得・pLDDT 信頼度解析・PAE 残基間 距離予測・構造カバレッジ分析。ToolUniv... （TU: alphafold）
• scientific-anomaly-detection — 異常検知・外れ値検出スキル。Isolation Forest・LOF・ One-Class SVM・Autoencoder 異常検知・統計的工程管理 (SPC)・ 多変量異常検知・異常スコアリング・閾値最適化。
• scientific-arrayexpress-expression — ArrayExpress 発現アーカイブスキル。BioStudies/ArrayExpress REST API によるマイクロアレイ・RNA-seq 発現実験検索・メタ データ取得・データ再解析。ToolUniverse 連携: a... （TU: arrayexpress）
• scientific-automl — AutoML パイプラインスキル。Optuna ハイパーパラメータ最適化・ FLAML 高速 AutoML・Auto-sklearn モデル選択・ NAS (Neural Architecture Search)・ 特徴量エンジニアリ...
• scientific-bayesian-statistics — ベイズ統計スキル。PyMC・Stan・ArviZ を活用し、ベイズ回帰・階層モデル・ MCMC サンプリング・ベイズ最適化・事後予測チェック・モデル比較を支援。 「ベイズ回帰して」「MCMC で推定して」「事後分布を求めて」で発火。
• scientific-biobank-cohort — バイオバンク・大規模コホートデータ解析スキル。UK Biobank / BBJ / All of Us 等の大規模コホートデータに対するフェノタイプ 辞書検索・GWAS サマリー統計処理・PheWAS パイプライン。
• scientific-bioinformatics — バイオインフォマティクス解析パイプラインのスキル。scRNA-seq（Scanpy）、ゲノム配列解析 （BioPython）、PPI ネットワーク解析（NetworkX）、メタボロミクスの前処理を行う際に使用。 Scientific ...
• scientific-biomedical-pubtator — バイオメディカルテキストマイニングスキル。PubTator3 API による 遺伝子・疾患・化合物・変異・種のエンティティ認識、関係抽出、 バイオメディカル文献アノテーション自動化パイプライン。
• scientific-biosignal-processing — 生体信号処理スキル。ECG（R波検出・HRV時間/周波数ドメイン・Poincaréプロット）、 EEG（マルチチャネル・バンドパワーδ/θ/α/β/γ・スペクトログラム・ERP）、 EMG（バースト検出・包絡線）、呼吸信号（RSA）の...
• scientific-biothings-idmapping — BioThings API (MyGene.info, MyVariant.info, MyChem.info) を活用した 遺伝子・変異・化合物の横断的 ID マッピングおよびアノテーション統合スキル。 （TU: biothings）
• scientific-cancer-genomics — がんゲノミクスポータル統合スキル。COSMIC (体細胞変異カタログ)、 cBioPortal (がんゲノミクスデータ解析)、DepMap (がん細胞依存性) の 3 大がんゲノミクスデータベースを統合した変異プロファイリング、 変異... （TU: cosmic, cbioportal）
• scientific-causal-inference — 因果推論スキル。傾向スコアマッチング（PSM）、逆確率重み付け（IPW / IPTW）、 操作変数法（2SLS）、差分の差分法（DID）、回帰不連続デザイン（RDD）、 DAG ベースの共変量選択（backdoor criterion...
• scientific-causal-ml — 因果機械学習スキル。DoWhy 因果モデル・EconML CATE 推定・ Double/Debiased ML・Causal Forest・メタラーナー (S/T/X)・ 異質的処置効果 (HTE)・因果特徴量選択。
• scientific-cell-line-resources — 細胞株リソーススキル。Cellosaurus 細胞株データベース検索、 STR プロファイルマッチング、コンタミネーション検出、 細胞株メタデータ (由来組織・疾患・種) 取得パイプライン。 （TU: cellosaurus）
• scientific-cellxgene-census — CELLxGENE Census 大規模シングルセルアトラススキル。 CZ CELLxGENE Census API によるヒト/マウス全アトラスの メタデータ検索・遺伝子発現クエリ・セルタイプ分布解析・ データセット横断統合パイプラ... （TU: cellxgene_census）
• scientific-chembl-assay-mining — ChEMBL アッセイ・活性データマイニングスキル。ChEMBL REST API による アッセイ検索・バイオアクティビティデータ取得・IC50/Ki/EC50 SAR 解析・ ターゲット-化合物マッピング・選択性プロファイリング・... （TU: chembl）
• scientific-cheminformatics — ケモインフォマティクス解析のスキル。RDKit を用いた分子記述子計算、Morgan フィンガープリント、 Tanimoto 類似度、構造アラート検出、Lipinski Rule of 5 評価を行う際に使用。 Scientific ...
• scientific-citation-checker — 原稿中の引用文献の自動検索・網羅性チェックを行うスキル。 参照リスト抽出、DOI/タイトルベース自動検索、引用カバレッジ分析、 フォーマット一貫性検証、重複検出を実行する。 「引用をチェックして」「参考文献を検索」「citation ...
• scientific-civic-evidence — CIViC 臨床エビデンススキル。CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer) REST API を用いたバリアント臨床解釈・ エビデンスアイテム・分子プロファイル・アサー... （TU: civic）
• scientific-clingen-curation — ClinGen 臨床ゲノム資源キュレーションスキル。ClinGen API に よる遺伝子-疾患バリディティ、臨床アクショナビリティ、 投与量感受性、バリアントレベルエビデンス評価パイプライン。 ToolUniverse 連携: cl... （TU: clingen）
• scientific-clinical-decision-support — 臨床意思決定支援スキル。エビデンスに基づく治療推奨、臨床パスウェイアルゴリズム、 患者コホート解析、バイオマーカー分類、精密腫瘍学（ToolUniverse の Precision Oncology パラダイム + claude-sc...
• scientific-clinical-nlp — 臨床自然言語処理スキル。MedSpaCy / cTAKES / scispaCy による臨床テキスト NER、セクション検出、否定文検出、 ICD-10/SNOMED-CT エンティティリンキング、 匿名化 (De-identific...
• scientific-clinical-pharmacology — 臨床薬理学モデリングスキル。PopPK (NLME 混合効果モデル)・ PBPK シミュレーション・TDM 投与量最適化・ Emax/Sigmoid PD モデリング・薬物間相互作用予測・ 臨床薬理パイプライン。 TU 外スキル (P...
• scientific-clinical-reporting — 臨床レポート自動生成スキル。検査結果サマリー (SOAP ノート)、バイオマーカー プロファイルレポート、薬理ゲノミクスレポート、臨床試験要約を構造化テンプレート (PDF/LaTeX/HTML) で出力。HL7 FHIR Diagn...
• scientific-clinical-standards — 臨床標準用語・コードマッピングスキル。LOINC 臨床検査コード・ ICD-10/ICD-11 疾病分類・FHIR R4 リソースマッピング・ SNOMED CT 用語変換・臨床用語相互運用パイプライン。 （TU: loinc, icd）
• scientific-clinical-trials-analytics — 臨床試験レジストリ解析スキル。ClinicalTrials.gov API v2 経由の 多基準試験検索 (疾患×介入×地域×フェーズ×ステータス)、試験詳細取得 (適格基準・アウトカム・施設・有害事象)、競合ランドスケープ解析、 A...
• scientific-compound-screening — 化合物スクリーニングスキル。ZINC データベースを活用した購入可能化合物検索、 SMILES/名前ベースの類似性検索、カタログフィルタリング、 バーチャルスクリーニング前処理パイプライン。 （TU: zinc）
• scientific-computational-materials — 計算材料科学スキル。pymatgen による結晶構造操作・対称性解析、 Materials Project API による材料データベース照会、 相図計算 (凸包解析)、電子バンド構造・状態密度 (DOS) 可視化、 VASP/Qua...
• scientific-crispr-design — CRISPR gRNA 設計スキル。Cas9/Cas12a PAM 配列検索・ オフターゲットスコアリング (CFD/MIT)・ CRISPRscan/Rule Set 2 活性予測・検証プライマー設計・ sgRNA スクリーニングラ...
• scientific-critical-review — 学術論文の草稿に対する批判的レビュー・修正スキル。論理構成、考察の深さ、 データ解釈の妥当性、先行研究との整合性、統計的主張の正確性を多角的に検証し、 具体的な修正案を生成する。「論文をレビューして」「考察を深めて」「草稿を改善して」...
• scientific-crossref-metadata — CrossRef メタデータスキル。CrossRef REST API による DOI 解決・論文メタデータ・引用数・ジャーナル情報・ 助成金情報検索。ToolUniverse 連携: crossref。 （TU: crossref）

D–F（26 スキル）

• scientific-data-preprocessing — 科学データの前処理パイプラインスキル。欠損値補完（KNNImputer/SimpleImputer）、 エンコーディング（LabelEncoder/OneHot/ダミー変数）、スケーリング（Standard/MinMax/Robust...
• scientific-data-profiling — データプロファイリング・品質スキル。ydata-profiling 自動 EDA ・ Great Expectations データバリデーション・データ品質スコア・ 型推論・相関検出・外れ値フラグ・データカタログ生成。
• scientific-data-simulation — 物理・化学・生物学に基づく合成データ生成のスキル。実験データが不足する場合に、 ドメイン知識を反映したシミュレーションデータを生成する際に使用。 Scientific Skills Exp-06, 07, 08, 09, 12, 13...
• scientific-data-submission — 科学データ登録・アーカイブスキル。GenBank/SRA 配列登録・ ENA 配列アーカイブ・GEO 発現データ登録・BioProject/BioSample メタデータ管理・FAIR 原則準拠データ共有。
• scientific-deep-chemistry — 深層学習分子特性予測スキル。DeepChem による GCN/MPNN/AttentiveFP 分子特性予測・MoleculeNet ベンチマーク・ChemBERTa/GROVER 事前学習モデル・分子フィンガープリントフィーチャライザ。
• scientific-deep-learning — 深層学習スキル。PyTorch Lightning・Hugging Face Transformers・timm を活用し、 NN アーキテクチャ設計・転移学習・分散トレーニング・ハイパーパラメータ最適化・ モデルデプロイを支援。 「...
• scientific-deep-research — 科学文献の深層リサーチスキル。SHIKIGAMI の WebResearcher パラダイム （Think→Report→Action 反復サイクル）を科学研究に特化させた実装。 学術データベース検索、エビデンス階層評価、ソース追跡、...
• scientific-depmap-dependencies — DepMap 依存性スキル。Cancer Dependency Map (DepMap) Portal API によるがん細胞株 CRISPR/RNAi 依存性スコア・薬剤 感受性データ・遺伝子効果取得。ToolUniverse 連携... （TU: depmap）
• scientific-disease-research — 疾患研究スキル。GWAS Catalog・Orphanet・OMIM・HPO・DisGeNET を統合し、 疾患-遺伝子関連解析・希少疾患診断支援・表現型-遺伝型マッピング・ 疫学的特性評価を支援。 「疾患と遺伝子の関連を調べて」「希... （TU: disgenet）
• scientific-doe — 実験計画法（DOE）スキル。直交配列表（L9/L16/L27）、中心複合計画（CCD）、 Box-Behnken 設計、D-最適計画、応答曲面法（RSM）、交互作用解析、 ベイズ最適化（Gaussian Process）、効果プロット...
• scientific-drug-repurposing — ドラッグリポジショニング（既存薬再創薬）スキル。ToolUniverse の Drug Repurposing パラダイムに準拠し、7 つの戦略（ターゲット型、化合物型、疾患駆動型、メカニズム型、 ネットワーク型、表現型、構造型）で候... （TU: pharos）
• scientific-drug-target-profiling — 創薬ターゲットプロファイリングスキル。ToolUniverse / Open Targets / ChEMBL / UniProt を活用したドラッグターゲットインテリジェンス。ドラッガビリティ評価、安全性プロファイリング、 ターゲッ... （TU: dgidb）
• scientific-drugbank-resources — DrugBank リソーススキル。DrugBank API を用いた薬剤記述・ 薬理情報・標的タンパク質・薬物相互作用検索。 ToolUniverse 連携: drugbank。 （TU: drugbank）
• scientific-ebi-databases — EBI データベース群統合アクセススキル。EBI Search 横断検索、ENA Browser ヌクレオチドアーカイブ、BioStudies 研究データ、dbfetch エントリ取得、 MetaboLights メタボロミクスリポジ...
• scientific-eda-correlation — 探索的データ解析（EDA）と相関分析のスキル。データの分布可視化、相関ヒートマップ、 散布図行列の作成を行う際に使用。Scientific Skills Exp-02, 12, 13 で確立したパターン。
• scientific-encode-screen — ENCODE / ChIP-Atlas エピゲノムアトラススキル。ENCODE REST API 実験・ファイル・バイオサンプル検索、SCREEN cis 制御エレメント、 ChIP-Atlas エンリッチメント解析、エピゲノムアノテ... （TU: encode, chipatlas）
• scientific-ensembl-genomics — Ensembl REST API ゲノミクススキル。遺伝子ルックアップ・配列取得・ VEP (Variant Effect Predictor) バリアントアノテーション・ クロスリファレンス・制御要素・系統樹・相同性検索・分類学統合...
• scientific-ensemble-methods — アンサンブル学習スキル。Stacking/Blending 多段積層・ Boosting (XGBoost/LightGBM/CatBoost) 勾配ブースティング・ Bagging/Random Subspace・Voting 分類...
• scientific-environmental-ecology — 環境科学・生態学解析スキル。種分布モデリング（SDM / MaxEnt）・ 生物多様性指標（α/β/γ 多様性）・群集構造解析（NMDS/CCA/RDA）・ 生態学的ニッチモデリング・保全優先順位評価・OBIS/GBIF データ統合パ... （TU: gbif）
• scientific-environmental-geodata — 環境地理空間データスキル。SoilGrids REST API による土壌特性 取得、WorldClim/CHELSA 気候データ、生物多様性-環境モデリング 統合。直接 REST API 連携 (TU 外)。
• scientific-epidemiology-public-health — 疫学・公衆衛生解析スキル。観察研究デザイン（コホート/症例対照/横断）・ リスク指標（RR/OR/HR/NNT）・標準化死亡比（SMR）・年齢調整率・ 空間疫学（GIS / 空間クラスタリング）・因果推論ダイアグラム（DAG）・ WH... （TU: who_gho）
• scientific-epigenomics-chromatin — エピゲノミクス・クロマチン生物学解析スキル。ChIP-seq ピーク呼び出し (MACS2/MACS3)、 ATAC-seq ヌクレオソームフリー領域検出、DNA メチル化パターン解析 (WGBS/RRBS)、 ヒストン修飾クロマチン... （TU: chipatlas）
• scientific-explainable-ai — 説明可能 AI (XAI) スキル。SHAP・LIME・Captum・InterpretML を活用し、 モデル予測の根拠説明・特徴量寄与分解・反実仮想説明・公平性監査を支援。 「モデルの予測を説明して」「SHAP 値を計算して」「L...
• scientific-expression-comparison — Expression Atlas / GTEx / HPA 統合発現比較スキル。EBI Expression Atlas ベースライン/差次的発現検索、実験アクセション取得、組織間・条件間 発現比較、マルチソース統合発現プロファイリン...
• scientific-feature-importance — 特徴量重要度分析のスキル。Tree-based Feature Importance と Permutation Importance を 用いて予測モデルの説明可能性を向上させる際に使用。 Scientific Skills Exp...
• scientific-federated-learning — 連合学習スキル。Flower フレームワークによる FL パイプライン・ FedAvg/FedProx/FedOpt 集約戦略・差分プライバシー (DP-SGD)・ 非 IID データ分割・通信効率化。

G–I（22 スキル）

• scientific-gdc-portal — NCI Genomic Data Commons ポータルスキル。GDC REST API を用いたがんゲノムプロジェクト横断検索・ケースメタデータ・ 体細胞変異 (SSM)・遺伝子発現・ファイル取得。 ToolUniverse 連携... （TU: gdc）
• scientific-gene-expression-transcriptomics — 遺伝子発現・トランスクリプトミクス解析スキル。GEO (Gene Expression Omnibus) からの 公開データセット取得・前処理、DESeq2 (PyDESeq2) による差次発現解析、 GTEx 組織発現参照・eQTL...
• scientific-genome-sequence-tools — ゲノム配列解析総合スキル。Ensembl ゲノムブラウザ、dbSNP 変異データ、 BLAST 相同性検索、NCBI Nucleotide 配列取得、GDC がんゲノミクスデータの 統合パイプライン。
• scientific-geo-expression — GEO (Gene Expression Omnibus) 発現プロファイルスキル。GEO REST API データセット検索・サンプル情報・発現マトリクス取得・バルク RNA-seq/マイクロアレイ差次的発現解析。ToolUnive... （TU: geo）
• scientific-geospatial-analysis — 地理空間データ解析スキル。GeoPandas ベクターデータ処理・ Rasterio ラスター解析・Folium/Kepler.gl インタラクティブ地図・ 空間自己相関 (Moran's I)・クリギング補間・CRS 変換。
• scientific-glycomics — 糖鎖構造解析スキル。GlyConnect / GlyGen / GlyCosmos 糖鎖データベース統合検索・糖鎖構造描画・糖タンパク質 グリコシル化部位予測・レクチンバインディング・ 糖鎖マスフラグメンテーション解析パイプライン。 ...
• scientific-gnomad-variants — gnomAD バリアントスキル。gnomAD (Genome Aggregation Database) GraphQL API を用いた集団アレル頻度・遺伝子制約スコア (pLI/LOEUF)・リージョンクエリ・トランスクリプトレベ... （TU: gnomad）
• scientific-gpu-singlecell — GPU アクセラレーション シングルセル解析スキル。 rapids-singlecell / cuML / cuGraph による GPU 並列処理。 大規模 (>1M cells) データの高速前処理・クラスタリング・ 次元削減。K...
• scientific-grant-writing — 研究グラント（助成金申請書）執筆スキル。NIH R01/R21、NSF、JSPS 科研費、 ERC 等のフォーマットに対応。Specific Aims、Research Strategy、予算計画、 Biosketch の構造化作成を...
• scientific-graph-neural-networks — グラフニューラルネットワーク (GNN) スキル。PyTorch Geometric・TorchDrug・ DeepChem を活用し、分子特性予測・タンパク質モデリング・知識グラフ推論・ ノード/グラフ分類を支援。 「GNN で分子...
• scientific-gtex-tissue-expression — GTEx 組織発現スキル。GTEx Portal REST API v2 による 組織特異的遺伝子発現パターン解析・eQTL ルックアップ・ 多組織比較。ToolUniverse 連携: gtex_v2。 （TU: gtex_v2）
• scientific-gwas-catalog — GWAS カタログスキル。NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API によるゲノム ワイド関連研究メタデータ・関連シグナル・形質・遺伝子座検索。 ToolUniverse 連携: gwas。 （TU: gwas）
• scientific-healthcare-ai — ヘルスケア AI スキル。PyHealth 臨床 ML パイプライン、 フローサイトメトリー (FlowIO) 解析、電子健康記録 (EHR) 処理、 臨床予測モデル構築のガイダンス。
• scientific-hgnc-nomenclature — HGNC 遺伝子命名法スキル。HUGO Gene Nomenclature Committee REST API による公式遺伝子シンボル検索・エイリアス解決・ 遺伝子ファミリー/グループクエリ・ID クロスリファレンス パイプライン...
• scientific-human-cell-atlas — Human Cell Atlas (HCA) データポータルスキル。HCA Data Portal API プロジェクト検索・ファイルダウンロード・CELLxGENE Census 統合・ 細胞型アノテーション・アトラス構築。Tool... （TU: hca_tools, cellxgene_census）
• scientific-human-protein-atlas — Human Protein Atlas (HPA) 統合スキル。組織/細胞タンパク質発現、 がん予後バイオマーカー、RNA 発現プロファイル、細胞内局在、 タンパク質相互作用の包括的検索・解析パイプライン。 （TU: hpa）
• scientific-hypothesis-pipeline — ユーザーのプロンプト（研究テーマ・データ記述）から仮説を立案し、 検証用の解析パイプラインを自動生成するスキル。PICO/PECO フレームワークによる 仮説構造化、適切な統計検定の選択、パイプラインコード生成を行う。 「仮説を立てて...
• scientific-icgc-cancer-data — ICGC がんゲノムデータスキル。ICGC ARGO DCC API および レガシー API による国際がんゲノムデータ検索・ドナー/ 検体/変異解析。直接 API (ToolUniverse 非連携)。
• scientific-image-analysis — 科学画像解析スキル。顕微鏡画像のセグメンテーション（Otsu/Watershed/Felzenszwalb）、 粒径分布解析、形態計測（面積・周囲長・真円度・アスペクト比）、テクスチャ解析 （GLCM/LBP）、強度プロファイル、マル...
• scientific-immunoinformatics — 免疫情報学スキル。エピトープ予測（MHC-I/II バインディング）・ T 細胞/B 細胞エピトープマッピング・抗体構造解析（CDR ループ）・ 免疫レパトア解析（TCR/BCR クロノタイプ）・ワクチン候補設計・ IEDB/IMGT... （TU: iedb, imgt, sabdab, therasabdab）
• scientific-infectious-disease — 感染症ゲノミクス・疫学スキル。病原体ゲノム解析（SNP/系統樹）・ AMR（薬剤耐性）遺伝子検出・分子疫学（MLST/cgMLST）・ アウトブレイク調査トレーシング・疫学的 SIR/SEIR コンパートメントモデル・ 伝播ネットワー...
• scientific-interactive-dashboard — インタラクティブダッシュボードスキル。 Streamlit / Dash / Panel / Voilà による 科学データダッシュボード構築・リアルタイムパラメータ探索 UI ・ ウィジェット連動・データアップロード・解析パイプライ...

L–M（27 スキル）

• scientific-lab-automation — 実験室自動化・プロトコル管理スキル。PyLabRobot（液体ハンドリング）、 Protocols.io（プロトコル共有）、Benchling/LabArchives（ELN/LIMS 統合）、 Opentrons（ロボティクス）によ...
• scientific-lab-data-management — ラボデータ管理スキル。Benchling (ELN/DNA 設計/レジストリ)、 DNAnexus (ゲノミクス PaaS)、LatchBio (ワークフロー)、 OMERO (バイオイメージング)、Protocols.io (プロト...
• scientific-latex-formatter — Markdown 原稿を LaTeX 形式に変換し、ジャーナル指定のテンプレート（.cls/.sty）に 適合するフォーマッティングを行うスキル。数式・図表・引用・相互参照の LaTeX 構文変換、 ジャーナル別スタイル適用、コンパイ...
• scientific-lipidomics — リピドミクス解析スキル。LipidMAPS / SwissLipids / LION 脂質データベース統合検索・脂質サブクラス分類・ 脂質 MS/MS スペクトル同定・脂質パスウェイエンリッチメント・ 脂質プロファイリングパイプライン...
• scientific-literature-search — 学術文献検索・取得スキル。PubMed E-utilities、Semantic Scholar、 OpenAlex、EuropePMC、CrossRef の 5 大学術データベース API を統合した 文献検索パイプライン。MeSH...
• scientific-marine-ecology — 海洋生態学統合スキル。OBIS 海洋生物分布・WoRMS 海洋分類体系・ GBIF 生物多様性レコード・FishBase 魚類データ。ToolUniverse 連携: obis, worms, gbif。 （TU: obis, worms, gbif）
• scientific-materials-characterization — 薄膜・材料キャラクタリゼーション解析のスキル。Thornton-Anders 構造ゾーンモデル（SZM）、 XRD 結晶子サイズ解析（Scherrer 方程式）、Williamson-Hall プロット、多技法融合データ解析、 PSP...
• scientific-md-simulation — 分子動力学シミュレーション解析スキル。MDAnalysis によるトラジェクトリ解析・ RMSD/RMSF/Rg 時系列指標・水素結合解析・二次構造変化追跡・ OpenFF Toolkit力場パラメータ化・溶媒和自由エネルギー推定パイ...
• scientific-medical-imaging — 医用イメージングスキル。DICOM/NIfTI 処理・WSI (Whole Slide Image) 解析・ PathML・MONAI・3D Slicer 連携・放射線画像解析・病理組織画像解析を支援。 「DICOM を解析して」「W...
• scientific-meta-analysis — メタ解析スキル。固定効果・ランダム効果モデル（DerSimonian-Laird）、Forest プロット、 異質性評価（I²/Q 検定/τ²）、出版バイアス検出（Funnel プロット/Egger/Begg 検定）、 サブグループ解...
• scientific-metabolic-atlas — 代謝アトラススキル。Metabolic Atlas / Human-GEM REST API による 代謝反応・代謝産物・コンパートメント検索、フラックス解析統合、 代謝ネットワーク可視化。K-Dense 連携: metabolic-...
• scientific-metabolic-flux — 代謝フラックス解析スキル。13C/15N 安定同位体トレーサー データを用いた代謝フラックス推定・EMU モデリング・ フラックスバランス制約統合パイプライン。
• scientific-metabolic-modeling — 代謝モデリングスキル。BiGG Models ゲノムスケール代謝モデル、 BioModels SBML リポジトリを統合した代謝ネットワーク解析・ モデル検索パイプライン。 （TU: biomodels）
• scientific-metabolomics — メタボロミクス解析スキル。Pareto スケーリング、PLS-DA + VIP スコア、置換検定（Q²）、 代謝パスウェイ濃縮解析（Fisher exact test）、代謝物相関ネットワーク、 Volcano プロット/箱ひげ図によ... （TU: hmdb, metabolomics_workbench）
• scientific-metabolomics-databases — メタボロミクスデータベース統合スキル。HMDB (Human Metabolome Database、 220,000+ 代謝物)、MetaCyc (代謝パスウェイ)、Metabolomics Workbench (NIH メタボロミ... （TU: metacyc）
• scientific-metabolomics-network — 代謝物ネットワーク構築スキル。KEGG/Reactome 代謝パスウェイ グラフ抽出・代謝物相関ネットワーク構築 (GGM/WGCNA)・ ハブ代謝物同定・MetaboAnalyst 統合エンリッチメント パイプライン。 TU 外スキ...
• scientific-metagenome-assembled-genomes — メタゲノムアセンブルゲノム (MAG) 解析スキル。 MetaBAT2 / CONCOCT / MaxBin2 ビニング・CheckM2 品質評価・ GTDB-Tk 分類学的分類・dRep 脱重複・Prokka アノテーション・ MA...
• scientific-microbiome-metagenomics — マイクロバイオーム・メタゲノミクス解析スキル。16S rRNA アンプリコン解析（DADA2）・ ショットガンメタゲノム解析（MetaPhlAn / HUMAnN）・α/β 多様性・ 差次存在量解析（DESeq2 / ANCOM-BC... （TU: mgnify）
• scientific-missing-data-analysis — 欠損データ解析スキル。欠損パターン診断 (MCAR/MAR/MNAR) ・ Little's MCAR テスト・多重代入法 (MICE) ・KNN 補完・ MissForest・VAE/GAIN 補完・欠損パターン可視化・Rubin'...
• scientific-ml-classification — 機械学習分類パイプラインのスキル。複数の分類モデル（Logistic Regression, Random Forest, SVM, XGBoost）を StratifiedKFold 交差検証で比較し、ROC 曲線・混同行列で評価す...
• scientific-ml-regression — マルチターゲット回帰モデルの学習・評価・比較スキル。複数の回帰モデル（Ridge, Lasso, Random Forest, Gradient Boosting, Extra Trees）を KFold 交差検証で比較する際に使用。...
• scientific-model-monitoring — MLOps モデル監視スキル。データドリフト検出 (Evidently/NannyML)・ モデル性能劣化検出・特徴量ドリフト・コンセプトドリフト・ A/B テスト統計・モデルレジストリ・再学習トリガー。
• scientific-model-organism-db — モデル生物データベース統合スキル。FlyBase (ショウジョウバエ)、 WormBase (線虫)、ZFIN (ゼブラフィッシュ)、RGD (ラット)、 MGI (マウス) の REST API を統合した モデル生物遺伝子・表現型... （TU: impc, mpd）
• scientific-molecular-docking — 構造ベース分子ドッキングスキル。DiffDock (拡散生成モデル)、 AutoDock Vina (スコアリング関数)、GNINA (CNN ベーススコアリング) を統合した タンパク質-リガンド結合ポーズ予測、バーチャルスクリーニ...
• scientific-monarch-ontology — Monarch Initiative 疾患-表現型オントロジースキル。 Monarch Initiative API を用いた疾患-遺伝子-表現型 アソシエーション・HPO フェノタイピング・ 遺伝子-疾患推定・オントロジーセマンティ... （TU: monarch）
• scientific-multi-omics — マルチオミクス統合解析スキル。ゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム データの統合手法（MOFA/SNF/DIABLO）、オミクス間相関解析、CCA/PLS 統合、 パスウェイレベル統合、ネットワーク統合のテンプレー...
• scientific-multi-task-learning — マルチタスク学習スキル。Hard/Soft Parameter Sharing・ GradNorm 勾配正規化・PCGrad 勾配投影・ タスクバランシング・補助タスク設計。

N–P（35 スキル）

• scientific-nci60-screening — NCI-60 がん細胞株薬剤応答スキル。CellMiner API 薬剤感受性・ NCI-60 GI50/LC50 データ・DepMap cancer dependency 統合・ 薬剤-分子マーカー相関・細胞株パネル比較解析。
• scientific-network-analysis — ネットワーク解析・相関ネットワーク構築のスキル。NetworkX を用いたグラフ構築、 中心性解析、コミュニティ検出、ネットワーク可視化を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-04, 07 で確立したパターン。P...
• scientific-network-visualization — ネットワーク解析・可視化スキル。NetworkX グラフ構築・ コミュニティ検出 (Louvain/Leiden)・中心性指標・ PyVis インタラクティブ・ネットワーク統計量・動的ネットワーク。
• scientific-neural-architecture-search — ニューラルアーキテクチャ探索 (NAS) スキル。DARTS 微分可能 NAS・ Optuna NAS 統合・効率的ネットワーク設計・探索空間定義・ Pareto 最適化 (精度 vs FLOPS)。
• scientific-neuroscience-electrophysiology — 神経科学・電気生理学解析スキル。Neuropixels/マルチ電極アレイの スパイクソーティング (SpikeInterface + Kilosort4)、品質指標 (SNR/ISI 違反率)、 EEG マイクロステート・事象関連電位...
• scientific-noncoding-rna — 非コード RNA (ncRNA) 解析スキル。Rfam RNA ファミリー検索、 RNAcentral 統合 ncRNA データベース、共分散モデル、構造マッピング、 系統樹解析パイプライン。
• scientific-ontology-enrichment — オントロジー・エンリッチメント解析スキル。EFO 実験ファクターオントロジー、 OLS オントロジー検索サービス、Enrichr 遺伝子セット濃縮解析、 UMLS メタシソーラス統一医学言語体系の統合パイプライン。
• scientific-opentargets-genetics — Open Targets Platform 遺伝学スキル。Open Targets Platform GraphQL API を用いた標的-疾患アソシエーション・薬剤 エビデンス・L2G 遺伝的関連・ファーマコゲノミクス検索。 Too... （TU: opentarget）
• scientific-paleobiology — 古生物学データベーススキル。Paleobiology Database (PBDB) REST API による化石産出記録・分類群・コレクション検索、地質年代 多様性曲線・古地理解析。ToolUniverse 連携: paleobio... （TU: paleobiology）
• scientific-paper-quality — 論文品質の定量的評価スキル。可読性スコア、セクションバランス分析、 語彙多様性、学術語使用率、冗長表現検出、ジャーナル要件適合チェック、 再現可能性チェックを実行する。 「論文の品質をチェックして」「可読性スコアを出して」「投稿前チェ...
• scientific-parasite-genomics — 寄生虫ゲノミクススキル。PlasmoDB/VectorBase/ToxoDB REST API による寄生虫ゲノム検索・遺伝子情報・薬剤標的同定・比較 ゲノミクス。直接 REST API 連携 (TU 外)。
• scientific-pathway-enrichment — パスウェイ・Gene Ontology 富化解析スキル。KEGG パスウェイ検索・マッピング、 Reactome パスウェイ階層解析、Gene Ontology (BP/MF/CC) アノテーション、 WikiPathways コミュ...
• scientific-pca-tsne — PCA・t-SNE・UMAP による次元削減と空間マッピングのスキル。化学空間・特徴量空間・ 多技法融合空間の可視化を行う際に使用。Scientific Skills Exp-02, 03, 05, 07, 11, 13 で汎用的に使...
• scientific-peer-review-response — 査読コメントへの体系的対応とリバッタルレター生成スキル。 査読コメントの構造化解析（Major/Minor/Editorial 分類）、 ポイント・バイ・ポイント回答生成、改訂箇所マッピング、 複数ラウンド対応を行う。 「査読に回答し...
• scientific-perturbation-analysis — シングルセル摂動解析スキル。pertpy による CRISPR スクリーン解析・ 薬剤応答分析・scGen 摂動予測・Augur 摂動応答性スコアリング・ scIB 統合ベンチマーク・差次的摂動応答パイプライン。
• scientific-pharmacogenomics — ファーマコゲノミクス (薬理ゲノム学) 解析スキル。PharmGKB/ClinPGx による 遺伝子-薬物相互作用照会、CPIC ガイドライン取得・解釈、Star アレル分類、 代謝酵素表現型判定 (PM/IM/NM/RM/UM)、F... （TU: fda_pharmacogenomic_biomarkers）
• scientific-pharmacology-targets — 薬理学的ターゲットプロファイリングスキル。BindingDB 結合親和性、 GPCRdb GPCR 構造-活性、GtoPdb 薬理学、BRENDA 酵素動態、 Pharos 未解明ターゲット(TDL)の統合解析パイプライン。 （TU: bindingdb, gtopdb, brenda）
• scientific-pharmacovigilance — ファーマコビジランス（医薬品安全性監視）スキル。FAERS/FDA 有害事象報告データベースを活用し、 不均衡分析（PRR/ROR/IC）、MedDRA 階層構造、時系列トレンド、人口統計層別化を実施。 市販後安全性シグナル検出と定量...
• scientific-pharmgkb-pgx — PharmGKB 薬理ゲノミクススキル。PharmGKB REST API による 臨床アノテーション・薬物遺伝子関連・投与量ガイドライン・ スターアレル解析。ToolUniverse 連携: pharmgkb。 （TU: pharmgkb）
• scientific-pharos-targets — Pharos/TCRD ターゲットプロファイリングスキル。Illuminating the Druggable Genome (IDG) Pharos GraphQL API による ターゲット開発レベル (TDL) 分類・疾患関連・... （TU: pharos）
• scientific-phylogenetics — 系統解析スキル。ete3/ETE Toolkit による系統樹構築・可視化、 scikit-bio 系統的多様性、配列アライメントベース進化解析、 分子時計・分岐年代推定、祖先配列再構成パイプライン。
• scientific-pipeline-scaffold — 科学データ解析パイプラインの基盤スキル。ディレクトリ構造の自動構築、再現性のためのシード管理、 進捗ログ出力、実行時間計測、JSON サマリー生成、ダッシュボード総括図の作成を行う際に使用。 全 13 実験に共通する足場パターンを統合。
• scientific-plant-biology — 植物バイオロジー統合スキル。Plant Reactome 代謝パスウェイ・ TAIR Arabidopsis ゲノム情報・Phytozome 比較ゲノミクス・ Ensembl Plants 種間オーソログ解析。
• scientific-population-genetics — 集団遺伝学解析スキル。アレル頻度解析・Hardy-Weinberg 平衡検定・ 集団構造解析（PCA / ADMIXTURE）・Fst 分化指標・選択圧検出（iHS / XP-EHH）・ 連鎖不平衡（LD）解析・GWAS Catalo...
• scientific-precision-oncology — 精密腫瘍学スキル。CIViC・OncoKB・cBioPortal・COSMIC・GDC/TCGA を統合し、 腫瘍ゲノムプロファイリング・分子標的選定・バイオマーカー評価・治療推奨を支援。 「がんゲノム解析して」「腫瘍プロファイリング... （TU: oncokb）
• scientific-preprint-archive — プレプリント・オープンアクセスアーカイブ検索スキル。bioRxiv/medRxiv プレプリント検索、arXiv 論文取得、PMC フルテキスト、DOAJ OA ジャーナル、 Unpaywall OA リンク、CORE/HAL/Zen...
• scientific-presentation-design — 科学プレゼンテーション・ポスター・模式図設計スキル。学会発表スライド、 LaTeX/PPTX ポスター、科学模式図（ワークフロー図・メカニズム図）、 ビジュアルアブストラクトの作成を支援。claude-scientific-skill...
• scientific-process-optimization — 応答曲面法（ML-RSM）とパレート多目的最適化のスキル。プロセスパラメータの最適条件探索、 コンターマップ、プロセスウィンドウ可視化を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-12, 13 で確立したパターン。
• scientific-protein-design — タンパク質設計スキル。ESM タンパク質言語モデル、de novo 設計、指向性進化の 計算的ガイド、安定性予測をカバー。ToolUniverse の Protein Therapeutic Design パラダイムと claude-...
• scientific-protein-domain-family — タンパク質ドメイン・ファミリー解析スキル。InterPro アノテーション検索、 InterProScan によるシーケンスベースドメイン予測、Pfam/SMART/CDD ドメイン分類、ドメインアーキテクチャ可視化、ファミリー系統樹構築。
• scientific-protein-interaction-network — タンパク質-タンパク質相互作用 (PPI) ネットワーク解析スキル。STRING、IntAct、 BioGRID、STITCH (化学-タンパク質) 相互作用データベースを統合した ネットワーク構築・解析パイプライン。GO/KEGG ... （TU: intact）
• scientific-protein-structure-analysis — タンパク質構造解析スキル。PDB / AlphaFold DB / PDBe を活用した 3D 構造解析。 構造アラインメント、結合部位検出、分子ドッキング準備、構造品質評価。 ToolUniverse の Protein Struc... （TU: proteinsplus）
• scientific-proteomics-mass-spectrometry — プロテオミクス・質量分析解析スキル。LC-MS/MS データ前処理、ペプチド同定 (PSM/FDR 制御)、 蛋白質定量 (LFQ/TMT/SILAC/iBAQ)、翻訳後修飾 (PTM) マッピング、 スペクトル類似度スコアリング (...
• scientific-public-health-data — 公衆衛生データアクセススキル。NHANES 疫学調査データ、MedlinePlus 一般向け 健康情報、RxNorm 薬剤標準語彙、ODPHP 健康目標・ガイドライン、 Health Disparities 健康格差データ統合パイプラ... （TU: nhanes, medlineplus, odphp）
• scientific-publication-figures — 論文品質（Nature/Science/Cell レベル）の科学図表を作成するスキル。matplotlib rcParams 設定、 DPI 300、spines 制御、カラーパレット選択、マルチパネル構成を行う際に使用。 Scien...

Q–V（43 スキル）

• scientific-quantum-computing — 量子計算スキル。Qiskit・Cirq・PennyLane・QuTiP を活用し、 量子回路設計・シミュレーション・変分量子アルゴリズム（VQE/QAOA）・ 量子化学計算・量子機械学習を支援。 「量子回路を設計して」「VQE で基底...
• scientific-radiology-ai — 放射線診断支援 AI スキル。CADe/CADx パイプライン・ CT/MRI 分類・セグメンテーション・Grad-CAM 説明可能性・ 構造化レポート・AI-RADS グレーディング。 ※ scientific-medical-im...
• scientific-rare-disease-genetics — 希少疾患遺伝学スキル。OMIM 遺伝子-疾患マッピング、Orphanet 希少疾患 分類・遺伝子照会、DisGeNET 疾患-遺伝子関連スコア、IMPC マウス表現型 参照、遺伝子-表現型統合解析パイプライン。 （TU: orphanet）
• scientific-rcsb-pdb-search — RCSB PDB 構造検索スキル。RCSB PDB Search API および Data API によるタンパク質立体構造検索・メタデータ取得・ リガンド情報・解像度フィルタリング。ToolUniverse 連携: rcsb_pdb... （TU: rcsb_pdb, rcsb_search）
• scientific-reactome-pathways — Reactome パスウェイスキル。Reactome Content Service REST API によるパスウェイ検索・階層取得・UniProt マッピング・ パスウェイ図データ取得。ToolUniverse 連携: react... （TU: reactome）
• scientific-regulatory-genomics — レギュラトリーゲノミクススキル。RegulomeDB バリアント制御機能スコア、 ReMap 転写因子結合マッピング、4D Nucleome (4DN) 三次元ゲノム構造 解析の統合パイプライン。
• scientific-regulatory-science — 規制科学パイプラインスキル。FDA (医薬品/医療機器/食品)・EMA・PMDA 規制データベース横断照会、 Orange Book 承認履歴・特許・排他性情報、510(k) デバイスクリアランス、 ISO 13485 品質管理システ...
• scientific-reinforcement-learning — 強化学習スキル。Stable-Baselines3 による RL エージェント訓練、 Gymnasium 環境構築、PufferLib 大規模マルチエージェント、 科学応用 (分子生成・実験最適化・ロボット制御) パイプライン。
• scientific-reproducible-reporting — 再現可能レポーティングスキル。Quarto 科学文書・ Jupyter Book 多章構成・Papermill パラメトリック実行・ nbconvert 自動変換・Sphinx-Gallery コード例ドキュメント。
• scientific-research-methodology — 研究方法論・研究デザインスキル。体系的な研究計画策定、ブレインストーミング フレームワーク、批判的思考法、研究倫理・IRB、先行研究評価、 クロスドメイン着想法を含む研究者のメタスキル群。 「研究計画を立てて」「ブレインストーミングし...
• scientific-revision-tracker — 論文改訂の変更履歴追跡・差分管理スキル。原稿バージョン間の diff 生成、 変更箇所のハイライト（赤字削除/青字追加）、改訂サマリー自動生成、 査読コメントと改訂箇所のトレーサビリティ管理を行う。 「改訂をトラッキングして」「変更履...
• scientific-rrna-taxonomy — rRNA リファレンス・分類学スキル。SILVA SSU/LSU rRNA データベース・ Greengenes2 系統分類・MGnify メタゲノム解析・QIIME2 分類器・ scikit-bio 配列解析・系統分類パイプライン。
• scientific-scatac-signac — scATAC-seq 解析スキル (Signac/SnapATAC2/episcanpy)。 ピークコーリング・モチーフ解析・Gene Activity スコア・ RNA+ATAC マルチモーダル統合 (WNN)。K-Dense: s...
• scientific-scientific-schematics — 科学図式・作図スキル。CONSORT フロー図 (臨床試験)、実験プロトコルフロー、 ニューラルネットワークアーキテクチャ図、分子パスウェイ図、 TikZ/SVG/Mermaid ベースの出版品質ベクター図の生成、 AI レビューによ...
• scientific-scvi-integration — scvi-tools シングルセル統合スキル。scVI 変分オートエンコーダ統合・ scANVI 半教師有りアノテーション・totalVI CITE-seq RNA+タンパク質結合解析・SOLO ダブレット検出・潜在空間解析。
• scientific-semantic-scholar — Semantic Scholar 学術グラフスキル。Semantic Scholar Academic Graph API による論文検索・著者プロファイル・引用グラフ・ 推薦・TLDR 要約。ToolUniverse 連携: sem... （TU: semantic_scholar）
• scientific-semi-supervised-learning — 半教師あり学習スキル。Self-Training・Label Propagation・ MixMatch/FixMatch・Pseudo-Labeling・ラベル効率評価。
• scientific-sequence-analysis — ゲノム配列解析スキル。コドン使用頻度（RSCU/CAI）、ペアワイズアラインメント （Needleman-Wunsch/Smith-Waterman）、系統解析（Jukes-Cantor/UPGMA/ブートストラップ）、 ORF 探索...
• scientific-single-cell-genomics — シングルセルゲノミクス解析スキル。scRNA-seq データの品質管理・正規化・ 次元削減（PCA/UMAP）・クラスタリング（Leiden）・差次発現遺伝子（DEG）同定・ セルタイプアノテーション・RNA velocity・細胞間...
• scientific-spatial-multiomics — 空間マルチオミクス統合スキル。MERFISH/Visium 等の空間 トランスクリプトームと空間プロテオミクスのマルチモーダル 統合・空間共検出解析・セル近傍グラフ構築パイプライン。
• scientific-spatial-transcriptomics — 空間トランスクリプトミクス解析スキル。10x Visium / MERFISH / Slide-seq データの 前処理・空間的遺伝子発現パターン検出（Moran's I / SpatialDE）・ 空間ドメイン同定（BayesSpa...
• scientific-spectral-signal — 分光スペクトルおよび生体信号の前処理・解析スキル。ベースライン補正、フィルタリング、 ピーク検出、帯域パワー解析を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-08（ECG/EEG）、Exp-11（ラマン分光）で確立した...
• scientific-squidpy-advanced — 高度 Squidpy 空間解析スキル。空間自己相関・共起解析・空間 近傍・リガンド受容体空間マッピング・ニッチ同定。 K-Dense 連携: squidpy-advanced。
• scientific-statistical-simulation — 統計シミュレーションスキル。Monte Carlo 法・Bootstrap 推論・ Permutation Test・統計的検出力分析・確率的リスク評価。
• scientific-statistical-testing — 統計検定・多重比較・エンリッチメント解析のスキル。t検定、カイ二乗検定、ANOVA、 Bonferroni/BH 補正、Fisher 正確検定、ベイズ推論を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-03, 04, 0...
• scientific-stitch-chemical-network — STITCH 化学-タンパク質相互作用ネットワークスキル。STITCH REST API を用いた化学物質-タンパク質インタラクション検索・ 信頼度スコアリング・ネットワーク薬理学・ポリファーマコロジー解析。 ToolUniverse... （TU: stitch）
• scientific-streaming-analytics — ストリーミング解析スキル。River オンライン学習・ リアルタイム異常検知・ストリーミング統計・ 増分データ可視化・概念ドリフト検出。
• scientific-string-network-api — STRING/BioGRID/STITCH ネットワーク解析スキル。STRING タンパク質相互作用 ネットワーク直接 API、BioGRID 実験的 PPI、STITCH 化学-タンパク質ネットワーク、 ネットワークトポロジー解析・... （TU: ppi）
• scientific-structural-proteomics — 構造プロテオミクス統合スキル。EMDB クライオ EM、PDBe 構造データ、 Proteins API (UniProt)、Complex Portal 複合体、DeepGO 機能予測、 EVE 変異影響評価の統合パイプライン。
• scientific-supplementary-generator — 学術論文の Supplementary Information (SI) を自動生成するスキル。 本文から溢れた図表・手法詳細・追加データを構造化し、ジャーナル規定に準拠した SI ドキュメントを生成する。「SIを作って」「補足資料を...
• scientific-survival-clinical — 生存解析と臨床統計のスキル。Kaplan-Meier 曲線、Cox 比例ハザードモデル、Log-rank 検定、 検出力分析、NNT/NNH 算出を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-03, 06 で確立したパ...
• scientific-symbolic-mathematics — 記号数学スキル。SymPy による解析的微積分・線形代数・微分方程式求解、 記号式の LaTeX 変換、数値計算との統合、科学モデリング用 記号計算パイプライン。
• scientific-systematic-review — PRISMA 2020 準拠系統的レビュースキル。マルチ DB 検索戦略立案 (PubMed/Embase/Cochrane/Web of Science)、スクリーニングワークフロー (タイトル/抄録→全文)、品質評価 (RoB 2...
• scientific-systems-biology — システム生物学解析スキル。動的モデリング（ODE / SBML）・ 代謝フラックス解析（FBA / pFBA）・遺伝子制御ネットワーク推定（GRN）・ シグナル伝達経路モデリング・パラメータ推定・感度解析・ BioModels/Rea... （TU: bigg_models, complex_portal, wikipathways）
• scientific-text-mining-nlp — 科学テキストマイニング・NLP スキル。生物医学 NER（遺伝子/疾患/薬物/化合物）・ 関係抽出（PPI / DDI / GDA）・文献ベースナレッジグラフ構築・ エビデンス要約・トピックモデリング・引用ネットワーク解析パイプライン...
• scientific-time-series — 時系列解析・予測スキル。ARIMA/SARIMA/Prophet モデリング、変化点検出（PELT/Bayesian）、 周期解析（FFT/ウェーブレット）、季節分解（STL）、異常検出、Granger 因果性検定の テンプレートを提...
• scientific-time-series-forecasting — ML 時系列予測スキル。Prophet/NeuralProphet・N-BEATS・ Temporal Fusion Transformer (TFT)・時系列特徴量エンジニアリング・ バックテスト・多段階予測・アンサンブル予測。
• scientific-toxicology-env — 毒性学・環境衛生スキル。CTD (Comparative Toxicogenomics Database) 化学-遺伝子-疾患関連・ToxCast/Tox21 高スループット毒性スクリーニング・ IRIS ヒトリスク評価・T3DB 食...
• scientific-transfer-learning — 転移学習・ドメイン適応スキル。事前学習モデルファインチューニング・ Few-shot / Zero-shot 学習・ドメイン適応 (DA)・ 知識蒸留・マルチタスク学習・科学ドメイン特化モデル転移。
• scientific-uncertainty-quantification — 不確実性定量化スキル。Conformal Prediction・MC Dropout・ 深層アンサンブル・アレアトリック / エピステミック分離・ Calibration Curve・予測区間推定・Expected Calibrati...
• scientific-uniprot-proteome — UniProt プロテオームスキル。UniProt REST API による タンパク質検索・ID マッピング・配列取得・機能アノテーション・ UniRef/UniParc 横断検索。ToolUniverse 連携: uniprot。 （TU: uniprot）
• scientific-variant-effect-prediction — 計算バリアント効果予測スキル。AlphaMissense (タンパク質構造ベース病原性予測)、 CADD (統合アノテーションスコア)、SpliceAI (スプライシング影響予測) の 3 大予測ツールを統合したコンセンサス病原性評価... （TU: spliceai, cadd）
• scientific-variant-interpretation — 遺伝子バリアント臨床解釈スキル。ClinVar / gnomAD / COSMIC / ACMG ガイドラインに 基づく病原性評価、薬理ゲノミクス（PharmGKB/ClinPGx）、バリアント-表現型相関の エビデンスグレーディング... （TU: clinvar）

ToolUniverse key → スキル

ToolUniverse API キーから対応スキルを検索できます。1 キーが複数スキルにまたがる場合もあります。
v0.26.0 で全 190 スキルに TU 連携を追加。汎用キー biotools / openml / papers_with_code / open_alex はドメイン横断で多数のスキルが共有する。

TU key	対応スキル
alphafold	scientific-alphafold-structures
arrayexpress	scientific-arrayexpress-expression
bigg	scientific-metabolic-flux
bigg_models	scientific-systems-biology
bindingdb	scientific-pharmacology-targets
biomodels	scientific-metabolic-modeling
biothings	scientific-biothings-idmapping
biotools	scientific-adaptive-experiments, scientific-advanced-imaging, scientific-advanced-visualization, scientific-bayesian-statistics, scientific-biosignal-processing, scientific-data-preprocessing, scientific-data-profiling, scientific-data-simulation, scientific-doe, scientific-eda-correlation, scientific-image-analysis, scientific-interactive-dashboard, scientific-lab-automation, scientific-missing-data-analysis, scientific-neuroscience-electrophysiology, scientific-pca-tsne, scientific-pipeline-scaffold, scientific-presentation-design, scientific-process-optimization, scientific-publication-figures, scientific-reproducible-reporting, scientific-spectral-signal, scientific-statistical-simulation, scientific-statistical-testing, scientific-streaming-analytics, scientific-symbolic-mathematics, scientific-time-series, scientific-time-series-forecasting
brenda	scientific-pharmacology-targets
cadd	scientific-variant-effect-prediction
cbioportal	scientific-cancer-genomics
cellosaurus	scientific-cell-line-resources
cellxgene	scientific-gpu-singlecell, scientific-perturbation-analysis, scientific-scvi-integration, scientific-spatial-multiomics, scientific-squidpy-advanced
cellxgene_census	scientific-cellxgene-census, scientific-human-cell-atlas
chembl	scientific-chembl-assay-mining, scientific-deep-chemistry
chipatlas	scientific-encode-screen, scientific-epigenomics-chromatin
civic	scientific-civic-evidence
clingen	scientific-clingen-curation
clinvar	scientific-biobank-cohort, scientific-variant-interpretation
complex_portal	scientific-systems-biology
cosmic	scientific-cancer-genomics
crossref	scientific-academic-writing, scientific-critical-review, scientific-crossref-metadata, scientific-latex-formatter, scientific-paper-quality, scientific-peer-review-response, scientific-revision-tracker, scientific-supplementary-generator
ctd	scientific-toxicology-env
depmap	scientific-depmap-dependencies
dgidb	scientific-drug-target-profiling
disgenet	scientific-disease-research
drugbank	scientific-clinical-pharmacology, scientific-drugbank-resources
ena	scientific-data-submission
encode	scientific-encode-screen, scientific-scatac-signac
ensembl	scientific-crispr-design
fda_pharmacogenomic_biomarkers	scientific-pharmacogenomics
gbif	scientific-environmental-ecology, scientific-geospatial-analysis, scientific-marine-ecology
gdc	scientific-gdc-portal
geo	scientific-geo-expression
glygen	scientific-glycomics
gnomad	scientific-gnomad-variants
gtex_v2	scientific-gtex-tissue-expression
gtopdb	scientific-pharmacology-targets
gwas	scientific-gwas-catalog
hca_tools	scientific-human-cell-atlas
hgnc	scientific-hgnc-nomenclature
hmdb	scientific-metabolomics, scientific-metabolomics-network
hpa	scientific-human-protein-atlas
icd	scientific-clinical-standards
iedb	scientific-immunoinformatics
imgt	scientific-immunoinformatics
impc	scientific-model-organism-db
intact	scientific-protein-interaction-network
lipidmaps	scientific-lipidomics
loinc	scientific-clinical-standards
materials_project	scientific-materials-characterization
medlineplus	scientific-public-health-data
metabolic_atlas	scientific-metabolic-atlas
metabolomics_workbench	scientific-metabolomics
metacyc	scientific-metabolomics-databases
mgnify	scientific-metagenome-assembled-genomes, scientific-microbiome-metagenomics
monarch	scientific-monarch-ontology
mpd	scientific-model-organism-db
ncbi_taxonomy	scientific-phylogenetics
nci60	scientific-nci60-screening
nhanes	scientific-public-health-data
obis	scientific-marine-ecology
odphp	scientific-public-health-data
oncokb	scientific-precision-oncology
open_alex	scientific-causal-inference, scientific-hypothesis-pipeline, scientific-research-methodology
openml	scientific-active-learning, scientific-anomaly-detection, scientific-automl, scientific-causal-ml, scientific-ensemble-methods, scientific-feature-importance, scientific-ml-classification, scientific-ml-regression, scientific-model-monitoring, scientific-multi-task-learning, scientific-semi-supervised-learning
opentarget	scientific-opentargets-genetics
orphanet	scientific-rare-disease-genetics
paleobiology	scientific-paleobiology
papers_with_code	scientific-deep-learning, scientific-explainable-ai, scientific-federated-learning, scientific-neural-architecture-search, scientific-quantum-computing, scientific-reinforcement-learning, scientific-transfer-learning, scientific-uncertainty-quantification
pdb	scientific-md-simulation
pharmgkb	scientific-pharmgkb-pgx
pharos	scientific-drug-repurposing, scientific-pharos-targets
ppi	scientific-string-network-api
proteinsplus	scientific-protein-structure-analysis
pubchem	scientific-admet-pharmacokinetics
rcsb_pdb	scientific-rcsb-pdb-search
rcsb_search	scientific-rcsb-pdb-search
reactome	scientific-reactome-pathways
sabdab	scientific-immunoinformatics
semantic_scholar	scientific-semantic-scholar
spliceai	scientific-variant-effect-prediction
stitch	scientific-stitch-chemical-network
string	scientific-network-visualization
tair	scientific-plant-biology
tcia	scientific-medical-imaging, scientific-radiology-ai
therasabdab	scientific-immunoinformatics
umls	scientific-clinical-nlp
uniprot	scientific-uniprot-proteome
who_gho	scientific-epidemiology-public-health
wikipathways	scientific-systems-biology
worms	scientific-marine-ecology
zinc	scientific-compound-screening

成果物パス（results/figures/...）→ スキル

各スキルの SKILL.md 内で参照されている出力パスです。末尾 _ で終わるエントリはプレフィックスパターンです。

data/ パス（8 件）

• data/bbbp: scientific-graph-neural-networks
• data/dataset_processed.csv: scientific-hypothesis-pipeline
• data/dataset.csv: scientific-hypothesis-pipeline
• data/geo: scientific-gene-expression-transcriptomics
• data/hetionet: scientific-graph-neural-networks
• data/participants: scientific-reactome-pathways
• data/pathway: scientific-plant-biology, scientific-reactome-pathways
• data/pathways/low/entity: scientific-reactome-pathways

figures/ パス（155 件）

• figures/actual_vs_predicted.png: scientific-ml-regression
• figures/admixture_barplot.png: scientific-population-genetics
• figures/alpha_boxplot.png: scientific-microbiome-metagenomics
• figures/band_structure.png: scientific-computational-materials
• figures/barplot_taxonomy.png: scientific-microbiome-metagenomics
• figures/bayesian_convergence.png: scientific-doe
• figures/bayesian_model_comparison.png: scientific-bayesian-statistics
• figures/bayesian_ppc.png: scientific-bayesian-statistics
• figures/bayesian_trace.png: scientific-bayesian-statistics
• figures/bayesian_update.png: scientific-survival-clinical
• figures/causal_dag.png: scientific-causal-inference
• figures/cca_scores.png: scientific-multi-omics
• figures/changepoints.png: scientific-time-series
• figures/chemical_space_pca.png: scientific-cheminformatics
• figures/chromatin_state_heatmap.png: scientific-epigenomics-chromatin
• figures/citation_network.png: scientific-literature-search, scientific-text-mining-nlp
• figures/clustering_analysis.png: scientific-pca-tsne
• figures/codon_usage_heatmap.png: scientific-sequence-analysis
• figures/confusion_matrices.png: scientific-ml-classification
• figures/consort_flow.svg: scientific-scientific-schematics
• figures/correlation_heatmap.png: scientific-eda-correlation
• figures/cox_ph_forest.png: scientific-survival-clinical
• figures/cumulative_meta.png: scientific-meta-analysis
• figures/dag_diagram.png: scientific-epidemiology-public-health
• figures/deg_dotplot.png: scientific-single-cell-genomics
• figures/disease_map.png: scientific-epidemiology-public-health
• figures/distribution_boxplots.png: scientific-eda-correlation
• figures/diversity_comparison.png: scientific-environmental-ecology
• figures/dl_learning_curve.png: scientific-deep-learning
• figures/docking_scores.png: scientific-molecular-docking
• figures/domain_architecture.png: scientific-protein-domain-family
• figures/dos.png: scientific-computational-materials
• figures/eda_: scientific-hypothesis-pipeline
• figures/eeg_band_powers.png: scientific-spectral-signal
• figures/enrichment_dotplot.png: scientific-statistical-testing
• figures/enrichment_heatmap.png: scientific-pathway-enrichment
• figures/epidemic_curves.png: scientific-infectious-disease
• figures/epitope_map.png: scientific-immunoinformatics
• figures/erp_waveforms.png: scientific-neuroscience-electrophysiology
• figures/expression_heatmap.png: scientific-expression-comparison
• figures/feature_importance_: scientific-feature-importance
• figures/feature_importance_panel.png: scientific-feature-importance
• figures/fft_spectrum.png: scientific-time-series
• figures/Fig1_description.png: scientific-academic-writing
• figures/fig1_overview.png: scientific-academic-writing
• figures/fig1.png: scientific-academic-writing
• figures/fig2_composite.png: scientific-academic-writing
• figures/figure1.png: scientific-academic-writing
• figures/filename.png: scientific-academic-writing
• figures/fluorescence_merged.png: scientific-image-analysis
• figures/flux_map.png: scientific-systems-biology
• figures/forest_plot.png: scientific-epidemiology-public-health, scientific-meta-analysis
• figures/funnel_plot.png: scientific-meta-analysis
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results/ パス A–L（259 件）

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results/ パス M–Z（226 件）

• results/manhattan_data.csv: scientific-biobank-cohort
• results/marker_correlations.csv: scientific-nci60-screening
• results/markers.csv: scientific-gpu-singlecell
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• results/particle_size_stats.csv: scientific-image-analysis
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• results/pdbe_entry.json: scientific-structural-proteomics
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• results/perturbation_de.json: scientific-perturbation-analysis
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• results/phewas.csv: scientific-gwas-catalog
• results/phylo_diversity.json: scientific-phylogenetics
• results/phylogenetic_tree.nwk: scientific-phylogenetics
• results/pk_model.json: scientific-admet-pharmacokinetics
• results/plant_pathways.csv: scientific-plant-biology
• results/plddt_profiles.csv: scientific-alphafold-structures
• results/polypharmacology.csv: scientific-stitch-chemical-network
• results/power_analysis.csv: scientific-hypothesis-pipeline
• results/ppi_centrality.csv: scientific-protein-interaction-network
• results/ppi_communities.csv: scientific-string-network-api
• results/ppi_network.graphml: scientific-protein-interaction-network
• results/ppi_topology.csv: scientific-string-network-api
• results/predictions.csv: scientific-alphafold-structures, scientific-deep-chemistry
• results/preprint_search.csv: scientific-preprint-archive
• results/projects.csv: scientific-icgc-cancer-data
• results/protein_domains.csv: scientific-protein-domain-family
• results/protein_features.csv: scientific-uniprot-proteome
• results/protein_features.json: scientific-structural-proteomics
• results/protein_quant.csv: scientific-proteomics-mass-spectrometry
• results/protocol.json: scientific-lab-data-management
• results/psm_results.csv: scientific-proteomics-mass-spectrometry
• results/ptm_sites.csv: scientific-proteomics-mass-spectrometry
• results/publication_bias_tests.csv: scientific-meta-analysis
• results/pubmed_search.csv: scientific-literature-search
• results/pubtator_annotations.csv: scientific-biomedical-pubtator
• results/pv_signal_report.json: scientific-pharmacovigilance
• results/pv_signal_report.md: scientific-pharmacovigilance
• results/qc_report.json: scientific-lab-automation
• results/quantum_result.json: scientific-quantum-computing
• results/radiomics_features.json: scientific-medical-imaging
• results/rare_disease_profile.json: scientific-rare-disease-genetics
• results/reactions.csv: scientific-metabolic-atlas
• results/reactome_enrichment.csv: scientific-pathway-enrichment
• results/reactome_participants.csv: scientific-reactome-pathways
• results/reactome_pathways.csv: scientific-reactome-pathways
• results/references.csv: scientific-semantic-scholar
• results/refmet_standardized.csv: scientific-metabolomics-databases
• results/refs: scientific-rrna-taxonomy
• results/regulatory_features.csv: scientific-ensembl-genomics
• results/regulome_scores.csv: scientific-regulatory-genomics
• results/relations.csv: scientific-text-mining-nlp
• results/remap_binding.csv: scientific-regulatory-genomics
• results/repertoire_diversity.json: scientific-immunoinformatics
• results/repurposing_candidates.json: scientific-drug-repurposing
• results/repurposing_report.md: scientific-drug-repurposing
• results/rfam_cmscan_hits.json: scientific-noncoding-rna
• results/rfam_family.json: scientific-noncoding-rna
• results/rfam_structures.json: scientific-noncoding-rna
• results/risk_measures.json: scientific-epidemiology-public-health
• results/risk_of_bias.csv: scientific-systematic-review
• results/rl_optimization.json: scientific-reinforcement-learning
• results/rl_training_log.json: scientific-reinforcement-learning
• results/rmsd_timeseries.csv: scientific-md-simulation
• results/rmsf_per_residue.csv: scientific-md-simulation
• results/rnacentral_search.csv: scientific-noncoding-rna
• results/rscu_analysis.csv: scientific-sequence-analysis
• results/safety_analysis.csv: scientific-survival-clinical
• results/samples.csv: scientific-geo-expression
• results/sar_summary.json: scientific-chembl-assay-mining
• results/sc_cellchat_interactions.csv: scientific-single-cell-genomics
• results/sc_celltype_annotations.json: scientific-single-cell-genomics
• results/sc_deg_results.csv: scientific-single-cell-genomics
• results/sc_qc_summary.json: scientific-single-cell-genomics
• results/sc_velocity_summary.json: scientific-single-cell-genomics
• results/scatac_clustered.h5ad: scientific-scatac-signac
• results/scib_benchmark.json: scientific-perturbation-analysis
• results/screen_ccres.csv: scientific-encode-screen
• results/screening_records.csv: scientific-systematic-review
• results/scvi_model: scientific-scvi-integration
• results/sdm_predictions.tif: scientific-environmental-ecology
• results/sdrf.csv: scientific-arrayexpress-expression
• results/search_strategy.json: scientific-systematic-review
• results/selection_scan.csv: scientific-population-genetics
• results/selectivity_profile.csv: scientific-chembl-assay-mining
• results/semantic_scholar_results.csv: scientific-literature-search
• results/sensitivity_analysis.csv: scientific-causal-inference, scientific-systems-biology
• results/sequence_composition.csv: scientific-sequence-analysis
• results/signature_exposures.csv: scientific-cancer-genomics
• results/simulation_timecourse.csv: scientific-systems-biology
• results/snp_matrix.csv: scientific-infectious-disease
• results/spatial_autocorrelation.csv: scientific-squidpy-advanced
• results/spatial_clusters.geojson: scientific-epidemiology-public-health
• results/spatial_domains.json: scientific-spatial-transcriptomics
• results/spectral_similarity.csv: scientific-spectral-signal
• results/spike_sorting: scientific-neuroscience-electrophysiology
• results/spike_sorting/quality_metrics.csv: scientific-neuroscience-electrophysiology
• results/spike_sorting/sorting_results.npz: scientific-neuroscience-electrophysiology
• results/spliceai_scores.csv: scientific-variant-effect-prediction
• results/star_allele_calls.csv: scientific-pharmacogenomics
• results/stationarity_test.csv: scientific-time-series
• results/statistical_tests.csv: scientific-statistical-testing
• results/stitch_interactions.csv: scientific-protein-interaction-network, scientific-stitch-chemical-network
• results/stitch_network.csv: scientific-stitch-chemical-network
• results/str_verification.json: scientific-cell-line-resources
• results/string_enrichment.csv: scientific-string-network-api
• results/string_interactions.csv: scientific-protein-interaction-network
• results/string_network.csv: scientific-string-network-api
• results/structural_alerts.csv: scientific-cheminformatics
• results/structural_alerts.json: scientific-chembl-assay-mining
• results/structure_analysis.json: scientific-protein-structure-analysis
• results/structure_report.md: scientific-protein-structure-analysis
• results/structure_zone_statistics.csv: scientific-materials-characterization
• results/structure.cif: scientific-computational-materials
• results/subgroup_analysis.csv: scientific-meta-analysis
• results/svg_results.csv: scientific-spatial-transcriptomics
• results/symbolic_solutions.json: scientific-symbolic-mathematics
• results/tair_genes.csv: scientific-plant-biology
• results/tanimoto_similarity.csv: scientific-cheminformatics
• results/target_profile_report.md: scientific-drug-target-profiling
• results/target_profile.json: scientific-drug-target-profiling
• results/taxa.csv: scientific-paleobiology
• results/taxonomy.csv: scientific-microbiome-metagenomics, scientific-rrna-taxonomy
• results/test_results.json: scientific-hypothesis-pipeline
• results/tissue_patterns.csv: scientific-nci60-screening
• results/topic_model_info.csv: scientific-text-mining-nlp
• results/tox21_assays.csv: scientific-toxicology-env
• results/toxicity_pathways.json: scientific-toxicology-env
• results/transformer_ft: scientific-deep-learning
• results/transmission_network.json: scientific-infectious-disease
• results/trial_adverse_events.csv: scientific-clinical-trials-analytics
• results/trial_details.json: scientific-clinical-trials-analytics
• results/trial_matches.json: scientific-clinical-decision-support
• results/umls_mapping.json: scientific-ontology-enrichment
• results/uniprot_entries.csv: scientific-uniprot-proteome
• results/univariate_results.csv: scientific-metabolomics
• results/vaccine_candidates_ranked.csv: scientific-immunoinformatics
• results/variant_actionability.json: scientific-precision-oncology
• results/variant_classification.json: scientific-variant-interpretation
• results/variant_report.md: scientific-variant-interpretation
• results/vep_consequences.csv: scientific-ensembl-genomics
• results/vip_scores.csv: scientific-metabolomics
• results/virtual_screening.csv: scientific-molecular-docking
• results/vs_library.csv: scientific-compound-screening
• results/williamson_hall.csv: scientific-materials-characterization
• results/works.csv: scientific-crossref-metadata
• results/worms_taxonomy.csv: scientific-marine-ecology
• results/xai_report.json: scientific-explainable-ai
• results/xrd_analysis.csv: scientific-materials-characterization
• results/yearly_trend.csv: scientific-semantic-scholar
• results/zinc_catalogs.csv: scientific-compound-screening
• results/zinc_search.csv: scientific-compound-screening
• results/zinc_similar.csv: scientific-compound-screening
• results/zinc_substance.json: scientific-compound-screening

参照関係（逆引き）

各スキルの SKILL.md 本文から他スキルへのリンクを解析し、「どのスキルから参照されているか」 を逆引きできるようにしたものです。

凡例: スキルA ← スキルB, スキルC … スキルA はスキルB・スキルC の SKILL.md から参照されている

• scientific-bayesian-statistics ← scientific-epidemiology-public-health, scientific-infectious-disease, scientific-spatial-transcriptomics, scientific-systems-biology
• scientific-bioinformatics ← scientific-infectious-disease, scientific-population-genetics, scientific-single-cell-genomics, scientific-spatial-transcriptomics
• scientific-causal-inference ← scientific-epidemiology-public-health, scientific-microbiome-metagenomics
• scientific-citation-checker ← scientific-text-mining-nlp
• scientific-clinical-trials-analytics ← scientific-epidemiology-public-health
• scientific-deep-learning ← scientific-single-cell-genomics
• scientific-deep-research ← scientific-text-mining-nlp
• scientific-disease-research ← scientific-population-genetics
• scientific-doe ← scientific-systems-biology
• scientific-epigenomics-chromatin ← scientific-population-genetics, scientific-single-cell-genomics
• scientific-gene-expression-transcriptomics ← scientific-single-cell-genomics
• scientific-graph-neural-networks ← scientific-text-mining-nlp
• scientific-image-analysis ← scientific-environmental-ecology, scientific-spatial-transcriptomics
• scientific-infectious-disease ← scientific-epidemiology-public-health
• scientific-meta-analysis ← scientific-epidemiology-public-health, scientific-text-mining-nlp
• scientific-metabolomics ← scientific-microbiome-metagenomics, scientific-systems-biology
• scientific-ml-classification ← scientific-environmental-ecology
• scientific-multi-omics ← scientific-microbiome-metagenomics, scientific-single-cell-genomics, scientific-systems-biology
• scientific-network-analysis ← scientific-infectious-disease, scientific-microbiome-metagenomics, scientific-single-cell-genomics, scientific-spatial-transcriptomics, scientific-systems-biology, scientific-text-mining-nlp
• scientific-pca-tsne ← scientific-environmental-ecology, scientific-population-genetics, scientific-single-cell-genomics
• scientific-pharmacogenomics ← scientific-population-genetics
• scientific-protein-design ← scientific-immunoinformatics
• scientific-protein-structure-analysis ← scientific-immunoinformatics
• scientific-sequence-analysis ← scientific-immunoinformatics, scientific-infectious-disease
• scientific-single-cell-genomics ← scientific-immunoinformatics, scientific-spatial-transcriptomics
• scientific-statistical-testing ← scientific-environmental-ecology, scientific-microbiome-metagenomics, scientific-population-genetics
• scientific-survival-clinical ← scientific-epidemiology-public-health, scientific-infectious-disease
• scientific-time-series ← scientific-environmental-ecology
• scientific-variant-interpretation ← scientific-immunoinformatics, scientific-population-genetics

トリガーフレーズ → スキル

各スキルの frontmatter description に含まれる全角カギ括弧「…」を抽出したものです。Claude へのプロンプト文言からスキルを探す用途に使えます。

英語フレーズ（27 件）

• 「Abstract を作成して」: scientific-academic-writing
• 「ADMET 予測して」: scientific-admet-pharmacokinetics
• 「citation check」: scientific-citation-checker
• 「DICOM を解析して」: scientific-medical-imaging
• 「diff を出して」: scientific-revision-tracker
• 「druggability 分析して」: scientific-drug-target-profiling
• 「ESM で評価して」: scientific-protein-design
• 「FAERS データを解析して」: scientific-pharmacovigilance
• 「GNN で分子特性を予測して」: scientific-graph-neural-networks
• 「GWAS 結果を解析して」: scientific-disease-research
• 「LaTeX に変換して」: scientific-latex-formatter
• 「lead optimization して」: scientific-admet-pharmacokinetics
• 「LIME で説明して」: scientific-explainable-ai
• 「MCMC で推定して」: scientific-bayesian-statistics
• 「Methods セクションを書いて」: scientific-academic-writing
• 「OncoKB で検索して」: scientific-precision-oncology
• 「PDB 構造を調べて」: scientific-protein-structure-analysis
• 「pharmacogenomics 解析して」: scientific-variant-interpretation
• 「reviewer response を作成して」: scientific-peer-review-response
• 「SHAP 値を計算して」: scientific-explainable-ai
• 「SIを作って」: scientific-supplementary-generator
• 「Specific Aims を書いて」: scientific-grant-writing
• 「Supplementary を作成して」: scientific-supplementary-generator
• 「systematic review して」: scientific-deep-research
• 「Transformer を Fine-tune して」: scientific-deep-learning
• 「VQE で基底エネルギーを求めて」: scientific-quantum-computing
• 「WSI を処理して」: scientific-medical-imaging

日本語フレーズ（59 件）

• 「がんゲノム解析して」: scientific-precision-oncology
• 「グラフ分類して」: scientific-graph-neural-networks
• 「グラント申請書を書いて」: scientific-grant-writing
• 「このデータで何がわかる？」: scientific-hypothesis-pipeline
• 「ジャーナルフォーマットにして」: scientific-latex-formatter
• 「ターゲット評価して」: scientific-drug-target-profiling
• 「タンパク質の構造を解析して」: scientific-protein-structure-analysis
• 「タンパク質を設計して」: scientific-protein-design
• 「ドッキング準備して」: scientific-protein-structure-analysis
• 「ドラッグリポジショニングして」: scientific-drug-repurposing
• 「ナレッジグラフ推論して」: scientific-graph-neural-networks
• 「ニューラルネットで学習して」: scientific-deep-learning
• 「バリアントの病原性を評価して」: scientific-variant-interpretation
• 「ブレインストーミングして」: scientific-research-methodology
• 「ベイズ回帰して」: scientific-bayesian-statistics
• 「ポスターのレイアウトを設計して」: scientific-presentation-design
• 「モデルの予測を説明して」: scientific-explainable-ai
• 「リバッタルを書いて」: scientific-peer-review-response
• 「事後分布を求めて」: scientific-bayesian-statistics
• 「仮説を立てて」: scientific-hypothesis-pipeline
• 「先行研究を調べて」: scientific-deep-research
• 「医用画像をセグメンテーションして」: scientific-medical-imaging
• 「参考文献を検索」: scientific-citation-checker
• 「可読性スコアを出して」: scientific-paper-quality
• 「変更履歴を作って」: scientific-revision-tracker
• 「学会スライドを作成して」: scientific-presentation-design
• 「安全性シグナルを検出して」: scientific-pharmacovigilance
• 「安定性を予測して」: scientific-protein-design
• 「実験プロトコルを作成して」: scientific-lab-automation
• 「希少疾患を診断して」: scientific-disease-research
• 「引用をチェックして」: scientific-citation-checker
• 「投稿前チェック」: scientific-paper-quality
• 「投稿用 TeX を作って」: scientific-latex-formatter
• 「改訂をトラッキングして」: scientific-revision-tracker
• 「文献調査して」: scientific-deep-research
• 「既存薬の新規適応を探して」: scientific-drug-repurposing
• 「有害事象を分析して」: scientific-pharmacovigilance
• 「査読に回答して」: scientific-peer-review-response
• 「標的タンパク質を調べて」: scientific-drug-target-profiling
• 「治療推奨を作成して」: scientific-clinical-decision-support
• 「液体ハンドリングを自動化して」: scientific-lab-automation
• 「深層学習モデルを構築して」: scientific-deep-learning
• 「疾患と遺伝子の関連を調べて」: scientific-disease-research
• 「研究デザインを設計して」: scientific-research-methodology
• 「研究計画を立てて」: scientific-research-methodology
• 「科研費を作成して」: scientific-grant-writing
• 「精密医療の解析して」: scientific-clinical-decision-support
• 「考察を深めて」: scientific-critical-review
• 「腫瘍プロファイリングして」: scientific-precision-oncology
• 「臨床パスウェイを設計して」: scientific-clinical-decision-support
• 「草稿を改善して」: scientific-critical-review
• 「薬物動態を評価して」: scientific-admet-pharmacokinetics
• 「補足資料を生成して」: scientific-supplementary-generator
• 「解析パイプラインを作って」: scientific-hypothesis-pipeline
• 「論文の品質をチェックして」: scientific-paper-quality
• 「論文をレビューして」: scientific-critical-review
• 「論文を書いて」: scientific-academic-writing
• 「量子シミュレーションして」: scientific-quantum-computing
• 「量子回路を設計して」: scientific-quantum-computing