Microsoft Visual Studio Installer Projects
依存関係がプロジェクトを読み込む度に更新される件。

課題

プロジェクトが複数あると、DLLが複数配置されるので、古いバージョンは、ExcludeでTrueにしておく。
例えば、System.Net.Httpのバージョン違いで、
4.0.0.0
4.2.0.0
の2つが、配置される。
セットアップする時、古いバージョンだと、不具合が発生するので、解消しておかないといけない。

けれども、

として、保存しておいても、再読み込みしたときには、更新されてしまい元に戻るようだ。
従って、ビルドする前に、その都度、設定し直さないといけない。

手作業で設定するDLLが大量にあるので、自動化したい。

結論

できませんでした！
あきらめます。
WiXを検討します。

Installer Projects（ほぼ更新停止状態だね）は、大規模なソリューションだと、だんだんつらくなってくるので、最初から、他の方法を採用すると良いかもしれません。

行ったこと

設定を書き換え

.vdprojファイルのテキストを読み込んで、同じDLLでバージョン違いは、ExcludeをTrueにするユーティリティを作成。
vdprojは、JSONぽいけどJSONではないです。これを、XMLに相互に変換するコードがあったので、それを利用しました。

Exclude以外にもReadonlyなど、保存した設定は、依存関係で更新されたDLLに利用されないようです。
失敗。
先に、ユーティリティを作成してしまったのも、失敗だった・・・。手作業で試してみてからがよかった・・・

Entryを削除

画像の例では、
_5C235C6F78D70C1873A72129C1E5F0A3
の、MsmKeyやOwnerKeyがあるので、それらを全て削除しても駄目。

参考