ちょっとした事情で、workリポジトリ以下の全てのコミットを、mainリポジトリ以下のlibというディレクトリを作成してコミットごと移行したくなったのでその方法のメモです。
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git format-patchでコミットログをpatch形式で書き出す
git format-patch -o "任意のディレクトリ" "欲しいコミットのハッシュ" - 
git amでpatchを任意のディレクトリに取り込む
git am -p2 --directory="配置したいディレクトリ" "1.でパッチ出力したディレクトリ/*" 
これでコミットログごと丸っと取り込みできます。
以上です。