対処方法 ERROR ITMS-90206: "Invalid Bundle. The bundle at ‘XXX.app/PlugIns/YYY.appex' contains disallowed file 'Frameworks'."

※CocoaPods1.1.0では対応済みでこのエラーは起きないようです。(コメント欄参照)
そのため1.1.0にするのが一番良い解決方法かと思います。
ただ書き方は少し変わるため、どうしても1.1.0にしたくない場合のみ下記をお試しください。

#はじめに
アプリを審査に出そうとしたらエラーが出て焦りました。
エクステンションアプリにライブラリーをCocoaPodsで入れると起こります。
Xcode8です。

#エラーの内容
エクステンションアプリの中にFrameworksフォルダが存在するとエラーになります。

#対処方法
エクステンションアプリの中にFrameworksフォルダが存在しないようにすればエラーが起きなくなります。
(パッケージの中から単純に削除するだけではアプリがひらかなくなることがありました。下記の対処方法のその1だけで解決する場合は単純に削除で良いはずです。)

##その1
メインアプリ以外のBuild PhasesにあるRun Scriptに下記を追加します。
(エラーとなっているTARGETだけでOKです)

cd "${CONFIGURATION_BUILD_DIR}/${UNLOCALIZED_RESOURCES_FOLDER_PATH}/"
if [[ -d "Frameworks" ]]; then
rm -fr Frameworks
fi

これで解決しているかArchiveからやり直して確認してみてください。
Swiftのライブラリーを使っているとこれだけでは解決しないです。

※このRun Scriptを追加した後にCocoaPodsで追加すると処理の順番？か何かで
Frameworksフォルダを削除した後にFrameworksフォルダを作ってしまいます。
その場合は追加したRun Scriptsを削除して再度追加してください。
処理の順番？が変わってうまくいきます。

##その2
メインアプリ以外のBuild PhasesにあるEmbed Pods Frameworksを削除しましょう。
(エラーとなっているTARGETだけでOKです)

これで解決しているかArchiveからやり直して確認してみてください。
解決できない場合はその3へ

##その3
メインアプリ以外のBuild Settingsの
Always Embed Swift Standard LibrariesをNO
EMBEDDED_CONTENT_CONTAINS_SWIFTをNO
とします。
(エラーとなっているTARGETだけでOKです)

これで解決しているかArchiveからやり直して確認してみてください。
私はこれで解決しました。

#さいごに
エクステンションアプリにCocoaPodsでRealmを入れると起きたので自分のメモも兼ねて残しました。
間違いやもっと良い方法などございましたら教えてください。