基本的にlinuxはCUIなので、rmコマンドで削除すると思います。
GUIで操作している時にゴミ箱へ移動するがあったので、調べて見ました。
Fedora17では、下記のようにTrashというディレクトリがありました。
/home/hogehoge/.local/share/Trash/
※1.ゴミ箱を使ったことがないとTrashディレクトリはないようです。
※2.他のディストリビューションでは違う場所かもしれません。
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