結論

FileVaultというのはAPFS (Encrypted)に 'some firmware fairy dust' を加えたものらしい。

別の言い方をすると、FileVaultというのはEncryptedなboot driveから起動できるシステムのことで、ドライブのファイルシステムなどにはよらないらしい。

例えばタイムマシンでリストアするとき、

リストア→FileVault on
APFS (Encrypted)でフォーマット→リストア
だと出来上がるものは同じらしいが、2のほうだとリストアに非常に時間がかかる。
一方、1だとFileVault onによる暗号化をバックグラウンドで行えるので、若干使いやすい？

参考