以下の様なエラーが出るようになった
$ git pull
/usr/local/Cellar/git/2.1.0/libexec/git-core/git-pull: line 11: /usr/local/Cellar/git/2.1.0/libexec/git-coregit-sh-setup: No such file or directory
なんで急にnot foundになったのかはよくわからないが、とりあえず絶対パスでファイルを指定してあげるように変更することでうまく動く
以下のコマンドで一括で変更して対応した
$ cd /usr/local/Cellar/git/2.1.0/libexec/git-core
$ for f in `ls`; do sed -i -e "s/\. git-/. \$\(dirname \$0\)\/git-/g" $f; done