3
0

More than 5 years have passed since last update.

Galaxyの公共サーバ(概要)

Last updated at Posted at 2018-12-05

Galaxyの公共サーバは、世界中の学術研究者がアクセス可能です。アカウントの作成が必要なサーバもありますが、多くの場合、ウェブサイトにアクセスして、すぐに分析を開始できます。

Galaxyの論文 Afgan et al. (2018) には、"over 99 publicly accessible servers (https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/)" と記載されていますが、URLが変更されました。

現在のURL (https://galaxyproject.org/use) にアクセスし、[Public Servers]タブをクリックすると以下のような画面が表示されます。

galaxyproject_Public_Servers.png

画面左側の "Show 20 entries" を "Show All entries" に変更すれば、全ての公共サーバがテーブルに示されます。

テーブルの左から、列"Resource"には詳細情報へのリンク、列"Link"にはウェブサイトへのリンク、列"Summary"には概要、列"Keywords"にはサーバの種類が示されています。
公共サーバは次の3種類(Genomics、Domain、Tool Publishing)があります。

  • Genomics これらのサーバは、幅広いツールを実装しており、一部の生物や分析に特化したものではありません。
  • Domain ドメインリソースは、特定の生物または分析に特化した様々なツールを提供します。
  • Tool Publishing ツール公開リソースにより、ツールを簡単に利用できます(コマンドラインバージョンをインストールする必要がなくなります)。ドメインリソースとツール公開リソースの区別は曖昧です。一般に、ツール公開リソースは特定の組織のツールを公開し、ドメインリソースは他の組織のツール/データセットを含みます。

galaxyproject_Public_Servers_a-game.png

例えば、テーブルの一番上の A-Game (メタゲノム解析に特化したドメインリソース)にアクセスしてみましょう。

テーブルの列"Resource" A-Game をクリックすると、以下のように詳細情報のページが開きます。

a-game_Resource.png

テーブルの列"Link" Server をクリックすると、以下のようにサーバにアクセスできます。

a-game_Link.png

参考文献
- Afgan et al. (2018) "The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update."

3
0
0

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up
3
0