Galaxyの公共サーバのうち、微生物（細菌/バクテリア、ウイルス）の解析に利用できるサーバを紹介します。
A-Game
メタゲノム解析
- Public server: A-Game server
- マニュアル A-Game Manual
ARGs-OAP
メタゲノムにおける抗生物質耐性遺伝子の同定
- Public server: ARGs-OAP Galaxy Server
- マニュアル manual page for ARGs-OAP
- 論文
- Yin et al. Bioinformatics. 2018 "ARGs-OAP v2.0 with an expanded SARG database and Hidden Markov Models for enhancement characterization and quantification of antibiotic resistance genes in environmental metagenomes"
- Yang et al. Bioinformatics. 2016 "ARGs-OAP: online analysis pipeline for antibiotic resistance genes detection from metagenomic data using an integrated structured ARG-database"
BioMaS
環境微生物群集の分類
- Public server: BioMaS Galaxy This site can’t be reached
- 論文 Fosso et al. BMC Bioinformatics. 2015 "BioMaS: a modular pipeline for Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS."
BitLAB
メタゲノム解析
- Public server: BitLAB Galaxy
- チュートリアル extensive tutorial This site can’t be reached
- 論文 Pérez-Wohlfeil et al. BMC Genomics. 2016 "Computational workflow for the fine-grained analysis of metagenomic samples."
Center for Phage Technology (CPT)
genbank/gff3形式ファイル処理ツール、ファージの自動アノテーション
- Public server: Center for Phage Technology (CPT) Galaxy Server
Codon Harmonizer
大腸菌で異種遺伝子発現のためのコドン改変
- Public server: Galaxy Server
- 論文 Claassens NJ et al. PLoS One. 2017 "Improving heterologous membrane protein production in Escherichia coli by combining transcriptional tuning and codon usage algorithms."
Huttenhower Lab
メタゲノム・機能的ゲノム解析
- pitagora日本語チュートリアル Huttenhower_Lab_Workflows
MBAC Metabiome Portal
マイクロバイオーム、メタボローム、immunomeデータ（Metabiome）解析
- Public server: MBAC Metabiome Server
MISSISSIPPI
エピジェネティクス、メタゲノミクス、RNA配列データ解析
- Public server: MISSISSIPPI Server
Molecular Property Diagnostic Suite - Tuberculosis (MPDSTB)
疾患特有ウェブポータル。結核に対する創薬
- Public server: Molecular Property Diagnostic Suite - Tuberculosis (MPDSTB)
- マニュアル MPDSTB Manual
- 論文
- Nagamani et al. SAR QSAR Environ Res. 2017 "Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery."
- Gaur et al. J. Chem. Sci. 2017 "Assessing therapeutic potential of molecules: molecular property diagnostic suite for tuberculosis (MPDSTB)."
Orione
微生物NGS解析。リードの前処理、マッピング、アセンブル、アノテーション、RNA-Seq、メタゲノム解析
- Public server: Orione
- 論文 Cuccuru et al. Bioinformatics. 2014 "Orione, a web-based framework for NGS analysis in microbiology."
- pitagora日本語チュートリアル Orione-live-supplement
- Galaxy Teaching Hub Microbial analysis with Orione
RNA-Rocket @ Pathogen Portal
感染症研究のためのRNA-Seq解析リソース。
- Public server: RNA-Rocket at Pathogen Portal
- 論文 Warren et al. Bioinformatics. 2015 "RNA-Rocket: an RNA-Seq analysis resource for infectious disease research."
USMI Galaxy Demonstrator
微生物の情報を統合。
- Public server: USMI Galaxy Demonstrator
- 査読なし論文 NOT PEER-REVIEWED "USMI Galaxy Demonstrator (UGD): a collection of tools to integrate microorganisms information [PeerJ Preprints]"
VarCap
原核生物の変異（SNP, InDel, 構造多型）予測。
- Public server: VarCap Galaxy ログインが必要
- Tutorial
- 論文 Zojer M et al. PeerJ. 2017 "Variant profiling of evolving prokaryotic populations."
VirAmp
ウイルス ゲノム アセンブリ
- Public server: VarCap Galaxy ログインが必要
- 論文 Wan et al. (2015) "VirAmp: a galaxy-based viral genome assembly pipeline."
- pitagora日本語チュートリアル VirAmp_Workflows