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Galaxyの公共サーバ(微生物解析用)

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Galaxyの公共サーバのうち、微生物(細菌/バクテリア、ウイルス)の解析に利用できるサーバを紹介します。

A-Game

メタゲノム解析

ARGs-OAP

メタゲノムにおける抗生物質耐性遺伝子の同定

BioMaS

環境微生物群集の分類

BitLAB

メタゲノム解析

Center for Phage Technology (CPT)

genbank/gff3形式ファイル処理ツール、ファージの自動アノテーション

Codon Harmonizer

大腸菌で異種遺伝子発現のためのコドン改変

Huttenhower Lab

メタゲノム・機能的ゲノム解析

MBAC Metabiome Portal

マイクロバイオーム、メタボローム、immunomeデータ(Metabiome)解析

MISSISSIPPI

エピジェネティクス、メタゲノミクス、RNA配列データ解析

Molecular Property Diagnostic Suite - Tuberculosis (MPDSTB)

疾患特有ウェブポータル。結核に対する創薬

Orione

微生物NGS解析。リードの前処理、マッピング、アセンブル、アノテーション、RNA-Seq、メタゲノム解析

RNA-Rocket @ Pathogen Portal

感染症研究のためのRNA-Seq解析リソース。

USMI Galaxy Demonstrator

微生物の情報を統合。

VarCap

原核生物の変異(SNP, InDel, 構造多型)予測。

VirAmp

ウイルス ゲノム アセンブリ

haruosuz
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