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GalaxyDay 10

Galaxyの公共サーバ(微生物解析用)

Galaxyの公共サーバのうち、微生物(細菌/バクテリア、ウイルス)の解析に利用できるサーバを紹介します。


A-Game

メタゲノム解析


ARGs-OAP

メタゲノムにおける抗生物質耐性遺伝子の同定


BioMaS

環境微生物群集の分類


BitLAB

メタゲノム解析


Center for Phage Technology (CPT)

genbank/gff3形式ファイル処理ツール、ファージの自動アノテーション


Codon Harmonizer

大腸菌で異種遺伝子発現のためのコドン改変


Huttenhower Lab

メタゲノム・機能的ゲノム解析


MBAC Metabiome Portal

マイクロバイオーム、メタボローム、immunomeデータ(Metabiome)解析


MISSISSIPPI

エピジェネティクス、メタゲノミクス、RNA配列データ解析


Molecular Property Diagnostic Suite - Tuberculosis (MPDSTB)

疾患特有ウェブポータル。結核に対する創薬


Orione

微生物NGS解析。リードの前処理、マッピング、アセンブル、アノテーション、RNA-Seq、メタゲノム解析


RNA-Rocket @ Pathogen Portal

感染症研究のためのRNA-Seq解析リソース。


USMI Galaxy Demonstrator

微生物の情報を統合。


VarCap

原核生物の変異(SNP, InDel, 構造多型)予測。


VirAmp

ウイルス ゲノム アセンブリ