Galaxyの公共サーバは、世界中の学術研究者がアクセス可能です。アカウントの作成が必要なサーバもありますが、多くの場合、ウェブサイトにアクセスして、すぐに分析を開始できます。
Galaxyの論文 Afgan et al. (2018) には、"over 99 publicly accessible servers (https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/)" と記載されていますが、URLが変更されました。
現在のURL (https://galaxyproject.org/use) にアクセスし、[Public Servers]タブをクリックすると以下のような画面が表示されます。
画面左側の "Show 20 entries" を "Show All entries" に変更すれば、全ての公共サーバがテーブルに示されます。
テーブルの左から、列"Resource"には詳細情報へのリンク、列"Link"にはウェブサイトへのリンク、列"Summary"には概要、列"Keywords"にはサーバの種類が示されています。
公共サーバは次の3種類(Genomics、Domain、Tool Publishing)があります。
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Genomics
これらのサーバは、幅広いツールを実装しており、一部の生物や分析に特化したものではありません。 -
Domain
ドメインリソースは、特定の生物または分析に特化した様々なツールを提供します。 -
Tool Publishing
ツール公開リソースにより、ツールを簡単に利用できます(コマンドラインバージョンをインストールする必要がなくなります)。ドメインリソースとツール公開リソースの区別は曖昧です。一般に、ツール公開リソースは特定の組織のツールを公開し、ドメインリソースは他の組織のツール/データセットを含みます。
例えば、テーブルの一番上の A-Game (メタゲノム解析に特化したドメインリソース)にアクセスしてみましょう。
テーブルの列"Resource" A-Game をクリックすると、以下のように詳細情報のページが開きます。
テーブルの列"Link" Server をクリックすると、以下のようにサーバにアクセスできます。
参考文献