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GalaxyDay 6

Galaxyの公共サーバ(概要)

Galaxyの公共サーバは、世界中の学術研究者がアクセス可能です。アカウントの作成が必要なサーバもありますが、多くの場合、ウェブサイトにアクセスして、すぐに分析を開始できます。

Galaxyの論文 Afgan et al. (2018) には、"over 99 publicly accessible servers (https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/)" と記載されていますが、URLが変更されました。

現在のURL (https://galaxyproject.org/use) にアクセスし、[Public Servers]タブをクリックすると以下のような画面が表示されます。

galaxyproject_Public_Servers.png

画面左側の "Show 20 entries" を "Show All entries" に変更すれば、全ての公共サーバがテーブルに示されます。

テーブルの左から、列"Resource"には詳細情報へのリンク、列"Link"にはウェブサイトへのリンク、列"Summary"には概要、列"Keywords"にはサーバの種類が示されています。

公共サーバは次の3種類(Genomics、Domain、Tool Publishing)があります。



  • Genomics
    これらのサーバは、幅広いツールを実装しており、一部の生物や分析に特化したものではありません。


  • Domain
    ドメインリソースは、特定の生物または分析に特化した様々なツールを提供します。


  • Tool Publishing
    ツール公開リソースにより、ツールを簡単に利用できます(コマンドラインバージョンをインストールする必要がなくなります)。ドメインリソースとツール公開リソースの区別は曖昧です。一般に、ツール公開リソースは特定の組織のツールを公開し、ドメインリソースは他の組織のツール/データセットを含みます。

galaxyproject_Public_Servers_a-game.png

例えば、テーブルの一番上の A-Game (メタゲノム解析に特化したドメインリソース)にアクセスしてみましょう。

テーブルの列"Resource" A-Game をクリックすると、以下のように詳細情報のページが開きます。

a-game_Resource.png

テーブルの列"Link" Server をクリックすると、以下のようにサーバにアクセスできます。

a-game_Link.png

参考文献

- Afgan et al. (2018) "The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update."