ちょっと泥臭いけど
model編集して吐かれたversionsのadd_columnを以下のように変更する
with op.batch_alter_table('hoge_table', recreate='always') as batch_op:
batch_op.add_column(sa.Column('fuga_column', mysql.TEXT(), nullable=True), insert_before='hoge_column')
# op.add_column('hoge_table', sa.Column('fuga_column', mysql.TEXT(), nullable=True))
だれかautogenerateのときにこれ出す方法知ってたら教えて下さい