結論

pythonでファイルを一つずつ開いて文字コードと改行コードだけ変換して保存するのが簡単で早い

thunderbirdのメール保存形式

mboxかmaildirか選択できる．標準はmbox．
mboxで保存している場合，もっと単純にsylpheedからインポート可能．
maildirを選択しているとフィルタの動作にバグっぽい挙動があり，メールが増殖したりする
→MozillaZine.jp フォーラム • トピック - mboxからmaildir形式に変更したフォルダでフィルターが機能しない
mboxへの変換は可能だが，添付ファイルもあったりすると，とてつもなく時間がかかるし無駄．

sylpheedのメール保存形式

mh形式
よく見てみると改行コードが\nだったり，文字コードが合わなかったりで，maildirをそのまんまコピーしたのでは読み込めない
構造はクソ単純なので，maildirを文字コードと改行コードだけ変換して連番でつっこめば動作しそうではある

コード

このプログラムを実行したカレントディレクトリにimportHogehogeという感じの名前でMH形式でメールが保存される．
i = 1を適当な数字に変えることで，既に利用しているMH形式のメールの続きとして出力できる

import mailbox
import os

path_to_maildir = 'hogehoge'  # thunderbirdの受信箱 'Inbox' フォルダの入っているフォルダ
targets = ['Inbox', 'Inbox/subdir', ]

for target in targets:
    mhdir = f"import{target.replace('/', '')}"
    mdir  = f"{path_to_maildir}/{target.replace('/','.sbd/')}"
    _ = mailbox.MH(mhdir, create=True)

    files = os.listdir(f'{mdir}/cur')
    i = 1
    for f in files:
        if f[0] == '.':
            continue
        with open(f'{mdir}/cur/{f}', encoding='utf-8') as fobj:
            with open(f'{mhdir}/{i}', 'wb') as wobj:
                try:
                    buf = fobj.read()
                except Exception as ex:
                    # エンコーディングが違っている場合
                    # 私の環境ではJISはなかったようのでスルーした
                    # 必要に応じてtryの階層を掘っていけば何とかなる
                    with open(f'{mdir}/cur/{f}', encoding='cp932') as fobj2:
                        buf = fobj2.read()
                wobj.write(buf.replace('\r','').encode('utf-8'))
            i += 1