テンプレートとなるexcelファイルに、複数のexcelデータの情報をコピーし、出力ファイルを作るプログラムをpythonで作りました。

環境

python3,xlwings,numpy をインストールしてください。
excelファイルの操作にはxlwingsライブラリを使いました。openpyxlも試しましたが、テンプレートファイルにグラフが含まれていたときに出力ファイルのグラフが消え、破損ファイル扱いになる、ロードが異様に遅い、などの問題が発覚したため、xlwingsが優れているようです。

仕様

まず以下のようなインプットファイル(.xlsx)を用意します。

このファイルをpythonプログラムに与えると、templateファイルを元にして、コピペが実行されます。基本的な動作はこのファイルから想像できると思います。説明が必要な点を以下にのべます。

header

headerの項目は、コピーしたデータ範囲の上か左のセルに入力される文字列です。headerが入力されるセルは、縦データの場合は先頭セルの上、横データの場合は先頭セルの左になります。headerを空欄にすると、データだけコピーされます。

input range, ouput range

基本的にはExcelの範囲指定と同じですが、「A5から下全部」のような範囲指定を'A5:A'のように指定することができます。

プログラム

実行

python xlcp.py input.xlsx

オプション

-f : アウトプットファイルと同じ名前のファイルが既にあった場合、そのファイルを上書きします。
-t : コピー元の範囲の行と列を入れ替えてからコピーします。
--headerPosition : ヘッダーの位置を変更します。デフォルトは (top,left)です。

その他

関連するxlsxファイルが既に開いている場合、読み取りエラーがおこることがあります。関連するファイルは閉じておいたほうが無難です。
インプットファイルが複数シートをもつ場合、全てのシートの命令を実行します。
xlsxファイル以外にも、excelで開けるファイルすべてに対して同じように動作します。（xlwingsは実質的にExcelを操作しているため）

コード

ExcelクラスはExcelインスタンスを管理します。このようにする前は、Excelインスタンスがたくさん立ち上がって、本プログラム終了後もそれらが立ち上がったままになるという問題が生じました。プログラム動作中はExcelインスタンス一つだけが立ち上がり、プログラム終了時にそのインスタンスがたち下がる、という動作にしたいため、このクラスを作って、常に同じインスタンスを操作するようにしました。
Orderクラスにインプットファイルのシートの情報が入り、SubOrderクラスに、一つのコピーに必要な情報が入ります。

xlcp.py

import argparse
import xlwings 
import os
import shutil
import numpy as np
from enum import Enum,auto

class style():
        BLACK = '\033[30m'
        RED = '\033[31m'
        GREEN = '\033[32m'
        YELLOW = '\033[33m'
        BLUE = '\033[34m'
        MAGENTA = '\033[35m'
        CYAN = '\033[36m'
        WHITE = '\033[37m'
        UNDERLINE = '\033[4m'
        RESET = '\033[0m'

class Excel():
    def __init__(self):
        self.app = xlwings.App(visible=False)
        self.books = []
        for app in xlwings.apps:
            if app == self.app:
                continue
            for book in app.books:
               self.books.append(book)

    def __del__(self):
        self.app.quit()

    def isOpen(self,file):
        if file in [book.fullname for book in self.books]:
            return True
        return False

    def open(self,file):
        for book in self.books:
            if book.fullname == file:
                return book
        book = self.app.books.open(file)
        self.books.append(book)
        return book

    def close(self,book):
        if book not in self.books:
            book.close()

class Position(Enum):
    TOP = auto()
    BOTTOM = auto()
    RIGHT = auto()
    LEFT = auto()
    
    def get(string):
        for item in Position:
            if item.name == string.upper():
                return item
        return None

    @staticmethod
    def parse(string):
       s = string.strip().strip('{[()]}').split(',')
       s1 = s[0]
       s2 = s[1] if len(s) > 1 else None
       return list(map(Position.get,(s1,s2)))

class Range:
    def __init__(self,string):
        self.startRow = 0
        self.startColumn = 0
        self.endRow = 0
        self.endColumn = 0
        self.range = None
        self.parse(string)

    def __str__(self):
        return '{{{0},{1},{2},{3}}}'.format(self.startRow,self.startColumn,self.endRow,self.endColumn)
 
    def set(self,sheet):
        tl = sheet[self.startRow,self.startColumn]
        if not self.endRow:
            bl = tl.end('down')
        else:
            bl = tl.offset(self.endRow - self.startRow,0)

        if not self.endColumn:
            br = bl.end('right')
        else:
            br = bl.offset(0,self.endColumn - self.startColumn)
        
        self.range = sheet.range(tl,br)

    def getHeaderCell(self,position):
        if self.range:
            (row,column) = self.range.shape
            tl = self.range[0]
            
            ofsr = 0
            ofsc = 0
            
            if position[0] == Position.TOP:
                ofsr = -1
            elif position[0] == Position.LEFT:
                ofsc = -1
            elif position[0] == Position.BOTTOM:
                ofsr = row
            elif position[0] == Position.RIGHT:
                ofsc = column

            if position[1]:
                if position[1] == Position.RIGHT:
                    ofsc = column - 1
                elif position[1] == Position.BOTTOM:
                    ofsr = row - 1 

            return tl.offset(ofsr,ofsc)

    def parse(self,string):
        if type(string) is str:
            (start,end) = string.split(":")
            (self.startRow,self.startColumn) = Range.parseCell(start)
            (self.endRow,self.endColumn) = Range.parseCell(end)
   
    @staticmethod
    def parseAlpha(astr):
        num=0
        exp=1
        if not astr:
            num = None
        else:
            for a in astr:
                num = exp*num + ord(a.lower())-96
                exp *= 26
        if num:
            num = num - 1
        return num

    @staticmethod
    def parseCell(cstr):
        (alpha,num) = ("","")
        for i in range(len(cstr)):
            if cstr[i].isalpha():
                alpha += cstr[i]
            else:
                num = cstr[i:]
                break
        else:
            num = ""
        
        if num :
            num = int(num) - 1
        else:
            num = None
        return (num,Range.parseAlpha(alpha))

class SubOrder:
    def __init__(self,order,args):
        (
            self.header,
            self.filein,
            self.sheetin,
            self.rangein,
            self.fileout, 
            self.sheetout, 
            self.rangeout
        ) = args
        
        self.rangein = Range(self.rangein)
        self.rangeout = Range(self.rangeout)
        self.order = order

    def __str__(self):
        return ('header : {0}\n'
                'filein : {1}\n'
                'sheetin : {2}\n'
                'rangein : {3}\n'   
                'fileout : {4}\n' 
                'sheetout : {5}\n'
                'rangeout : {6}\n'
                ).format(self.header,self.filein,self.sheetin,str(self.rangein),self.fileout,self.sheetout,str(self.rangeout)) 
    def isProper(self):
        return all([self.filein,self.sheetin,self.fileout,self.sheetout])

    def read(self):
        filein = os.path.join(self.order.dirin,self.filein)
        if not os.path.exists(filein):
            print(style.CYAN + self.filein + style.RESET + ' does not exist in ' + style.CYAN + self.order.dirin + style.RESET)
            return False
        
        print('loading ' + style.CYAN + filein + style.RESET)
        bookin = order.excel.open(filein)
        if self.sheetin not in [sheet.name for sheet in bookin.sheets]:
            print(style.CYAN + self.sheetin + style.RESET + ' does not exist in ' + style.CYAN + filein + style.RESET)
            order.excel.close(bookin)
            return False
        
        sheetin = bookin.sheets[self.sheetin]
        self.rangein.set(sheetin)
        self.order.array = self.rangein.range.options(convert=np.array,ndim=2).value
        if self.order.transpose:
            self.order.array = self.order.array.transpose()
        print('data shape : ' + style.CYAN + str(self.order.array.shape) + style.RESET)
        order.excel.close(bookin)
        return True

    def write(self):
        fileout = os.path.join(self.order.dirout,self.fileout)
        if fileout in self.order.dict:
            bookout = self.order.dict[fileout]
        else:
            if not os.path.exists(fileout):
                shutil.copy(self.order.temp,fileout)
            elif not args.forceOverwrite:
                strin=input('file ' + style.CYAN +  f'{fileout}' + style.RESET + 
                        ' already exists. Overwrite? (' + style.CYAN + 'y' + style.RESET + '/' + style.RED + 'n' + style.RESET + ')')
                if strin[0] != 'y': 
                    order.nolist.append(self.fileout)
                    return

            bookout = order.excel.open(fileout)
        
        self.order.dict[fileout] = bookout
        if self.sheetout not in [sheet.name for sheet in bookout.sheets]:
            bookout.sheets.add(self.sheetout)
            print('created' + style.CYAN + self.sheetout + style.RESET + ' in ' + style.CYAN + self.fileout)

        sheetout = bookout.sheets[self.sheetout] 
        self.rangeout.set(sheetout)
        
        if self.header:
            self.rangeout.getHeaderCell(self.order.headerPosition).value = self.header

        rangeout = self.rangeout.range
        rangeout.value = self.order.array[:rangeout.shape[0],:rangeout.shape[1]] 

class Order:
    def __init__(self,sheet,args,excel):
        self.temp = None 
        self.dirin = None 
        self.dirout = None 
        self.list = []
        self.nolist = []
        self.dict = {}

        self.headerPosition = Position.parse(args.headerPosition)
        self.transpose = args.transpose
        self.load(sheet)
        self.excel = excel
    
    def __str__(self):
        string = (
        'temp : {0}\n'
        'dirin : {1}\n'
        'dirout : {2}\n\n'
        ).format(self.temp,self.dirin,self.dirout)
        for elem in self.list:
            string += str(elem)
            if elem is not self.list[-1]:
                string += '\n\n'
        return string

    def load(self,sheet):
        self.temp = sheet.range('B1').value
        self.dirin = sheet.range('B2').value
        self.dirout = sheet.range('B3').value
        self.list = []
        self.dict = {}
        self.nolist = []
        tl = sheet.range('A6')
        bl = tl.end('down')
        br = bl.offset(0,6)
        
        data = sheet.range(tl,br).value
        for row in data:
            subOrder = SubOrder(self,row)
            if subOrder.isProper():
                self.list.append(subOrder)
                print(subOrder)

    def execAll(self):
        for suborder in self.list: 
            if suborder.fileout in self.nolist:
                continue
            print(style.CYAN + suborder.filein + style.RESET + '->' + style.CYAN + suborder.fileout + style.RESET)
            
            if suborder.read():
                suborder.write()
        for bookname,book in self.dict.items():
            print('saving ' + style.CYAN + bookname + style.RESET)
            book.save()
            print('saved')
            self.excel.close(book)

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('orderFile',help='input order file')
parser.add_argument('-t','--transpose',action='store_true',help='transpose data')
parser.add_argument('-f','--forceOverwrite',action='store_true',help='force overwrite')
parser.add_argument('--headerPosition',default='(top,left)',help='position of the header with respect to the data. default : (top,left). set this to (left,top) to put header to the side.')
args = parser.parse_args()

os.system('')

try:
    excel = Excel()
    book = excel.open(args.orderFile)
    orderList = []
    for sheet in book.sheets:
        orderList.append(Order(sheet,args,excel))
    excel.close(book)

    for order in orderList:
        order.execAll()

finally:
   pass