Atom-Beautyをインストールして、実行しようとしたところ、以下のエラーメッセージが表示した。

The "PHP - PHP-CS-Fixer Path (cs_fixer_path)" configuration option has been deprecated. Please switch to using the option in section "Executables" (near the top) in subsection "PHP-CS-Fixer" labelled "Path" in Atom-Beautify package settings.

原因を調べたところ、PHP-CS-Fixerのバージョンが古い事が判明
PHP-CS-Fixerのバージョンは以下のコマンドで調べられる。

$ PHP-CS-Fixer --version

このバージョンで調べたところ、version1.18.xxであることが分かった。
うまく動いている人のバージョンを調べたところ、version2.0.0だったため、古いバージョンであることにあたりを付けてアップデートを試みた。

アップデートは以下のリンクから再インストールすればよい。
https://github.com/FriendsOfPHP/PHP-CS-Fixer

アップデート後

$ PHP-CS-Fixer --version
PHP CS Fixer version 2.0.0 by Fabien Potencier and Dariusz Ruminski

こちらの手順に従って、実行した所、Atom-beautyで整形することが出来た。