公式ドキュメントの方法だとサンプル的なコントローラーが入っていたりGit管理できなかったり色々手を加えないと開発開始できないので、お好み設定で最速構築してしまおうという手順。

EmptyAppを用意

予めお好みの初期状態にした空プロジェクト(fuel/appとpublic/以下など)をまとめてEmptyAppとしておく。
初期設定用のコマンドを用意する。

copy.sh

cp -f -r fuel/vendor/emptyapp/fuel/* fuel/
cp -f -r fuel/vendor/emptyapp/public .
cp -f -r fuel/vendor/emptyapp/.gitignore .

それをGithubなんかに上げておくと便利。

composer.jsonを用意

公式のcomposer.jsonをコピーして利用
EmptyAppの記述を追加（省略）※githubに上げなかった場合は不要
インストール後に実行できるコマンドでEmptyAppで作ったコマンドを実行するよう設定
ついでにgit initも追加

composer.json

    "scripts": {
        "post-install-cmd": [
            "bash fuel/vendor/emptyapp/copy.sh",
            "oil r install" ,
            "git init"
        ]
    }

インストール

後は、プロジェクトディレクトリ内でインストールするだけ。

mkdir PROJECT
cd PROJECT
wget https://raw.githubusercontent.com/goosys/Fuel-Installer/master/composer.json -O composer.json  --no-check-certificate
wget https://raw.githubusercontent.com/fuel/fuel/1.7/master/oil -O oil --no-check-certificate
curl -s http://getcomposer.org/installer | php
php composer.phar install

おわり

上記２つのリポジトリはライセンスフリーです。
Forkでもコピーでもして使ってください。
ただし、masterの状態は保障しません。（突然変わるかもしれません）