Cordovaプラグインは使えません

Monacaデバッガーでは、以下のプラグインがデフォルトで組み込まれています。

バーコードスキャナー
バッテリー
カメラ
キャプチャー
デバイス
デバイスモーション
デバイスオリエンテーション
ファイル
ジオロケーション
アプリ内ブラウザ
メディア
ネットワーク情報
ローカル通知
バイブレーション

これらの機能の幾つかについてはHTML APIで代替処理ができます（位置情報、カメラなど）。ただ、Cordovaプラグインとは動作が異なる可能性があるので注意してください。

Monacaアプリとしてビルドしている場合と、Monacaクイックビューアで動作している際の違いは、 window.cordova 変数の有無をチェックするのが良いでしょう。

if (window.cordova) {
  // Monacaアプリ、カスタムデバッガービルドとして動作している
  // Cordovaプラグインが使える
} else {
  // Monacaクイックビューア、Web IDEのプレビューとして動作している
  // Cordovaプラグインは使えない
}

HTML APIで代替できるものについては、この判定を使って処理分けしたり、Monacaクイックビューアでは動作させないと言った仕組みにする必要があります。

例えばNCMBのプッシュ通知プラグインもMonacaクイックビューアでは利用できませんので、 window.NCMB.monaca.setDeviceToken のような関数へのアクセスはエラーになってしまいます。

利用開始できるイベントが異なります

Monacaアプリの場合、画面のDOM構築に加えてCordovaプラグインの準備完了を待ちます。そのイベントが deviceready です。対してMonacaクイックビューアの場合はDOM構築のみになるので、 DOMContentLoaded イベントのみになります。Monacaクイックビューアで deviceready を待ってもイベントが呼ばれないので注意してください。

お勧めの方法としては、 window.cordova の有無でイベントを変えることです。

const event = window.cordova ? 'deviceready' : 'DOMContentLoaded';
document.addEventListener(event, e => {
  // 処理を記述
});

なお、Onsen UIなどを使っている場合には ons.ready などあらかじめ指定されているものを利用すれば問題ありません。

SafariとwkWebViewでは利用できる機能に差異があります

MonacaクイックビューアをSafariで開いて利用する方は多いかと思います。それに対して、MonacaアプリはレンダリングエンジンにwkWebViewを使います。この時の機能差は意識して開発を行う必要があります。

具体的にどこが違うのか判定が難しいのですが、例えばSafariはフルスクリーン表示ができますが、wkWebViewを使ったブラウザ（Chromeなど）ではできません。Safariは動画のインライン再生ができますが、Chromeでは最大表示になってしまいます。

ChromeはwkWebViewを使っているはずなので、MonacaクイックビューアはChromeで利用するのがお勧めです。Safariで利用できている機能がMonacaアプリで使えないと言った動作齟齬を極力なくした方が、開発しやすいでしょう。

CORS制限/CSPには注意してください

Webアプリケーションが常に気にしなければならないのがCORS制限です。fetch関数では外部サイトへのPOSTであったり、任意のコンテンツをGETで取得するのに制限があります。

Cordovaプラグインであれば cordova-plugin-advanced-http や cordova-plugin-fetch が利用できますが、Monacaクイックビューアでは使えないので問題になります。これの解決策はMonacaカスタムデバッガービルドを使うほかないでしょう。

また、WebアプリではCSP（Content Security Policy）も問題になります。HTTPSでは使える機能が、MonacaアプリのURLスキーマでは使えない場合があります。これも分かりやすい一覧などがある訳ではないので、実際にやってみないと分からないのですが…なるべく早い段階でカスタムデバッガービルドを使った方が動作差異をなくせます。

まとめ

Monacaクイックビューアは簡易的な動作確認用ツール、くらいに考えておく方が良いでしょう。iOSアプリをちゃんと開発するならば、早めにカスタムデバッガービルドを使うのがお勧めです。

なお、NCMBのプッシュ通知プラグインはカスタムデバッガービルドでは正しく動作しない（プッシュ通知受信時に期待したハンドリングができない）のでご注意ください（参考：ニフクラ mobile backendを使ってAndroidへプッシュ通知を送る手順を一から紹介 – モナカプレス）。