Unity5.5へ移行後、XCodeビルドで

xcodebuild[92008:20196698] [MT] PluginLoading: Required plug-in compatibility UUID F41BD31E-2683-44B8-AE7F-5F09E919790E for plug-in at path '~/Library/Application Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Unity4XC.xcplugin' not present in DVTPlugInCompatibilityUUIDs

とエラーが出た場合、Unity4XC.xcpluginへのシンボリックリンクが古い可能性があります。

> ls -l ~/Library/Application\ Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Unity4XC.xcplugin
/Users/xxx/Library/Application Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Unity4XC.xcplugin -> /Applications/Unity/Unity.app/Contents/PlaybackEngines/iOSSupport/Tools/OSX/Unity4XC.xcplugin

と出た場合はリンク先が変更されているので、

rm ~Library/Application\ Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Unity4XC.xcplugin
ln -s  /Applications/Unity/PlaybackEngines/iOSSupport/Tools/OSX/Unity4XC.xcplugin ~Library/Application\ Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Unity4XC.xcplugin

とすれば直るハズです。

その他のケースについては、
http://qiita.com/usagimaru/items/59745e26584a00ddfba3
の『Xcode の更新でプラグインが使えなくなる事もあるので注意』を参照ください。