はじめに

PyGMTはanaconda環境で使うことが推奨されているが、pipでもインストールすることができる。
しかし、pipでインストールしたのみでは、エラーが発生するのでその解決方法を解説する。

インストール環境

Ubuntu 22.04
Python 3.10
GMT 6.3.0（aptでインストール）

pipでインストール

ドキュメントにある通りに実行する。

pip3 install pygmt

記事執筆時（2022/5/3）ではPyGMT 0.6.1がインストールされた。PyGMTはバージョンにより、対応するPythonとGMTのバージョンが異なるので、注意すること。（リンク）

PyGMTをimportするとエラーが発生する。

import pygmt

エラー内容

pygmt.exceptions.GMTCLibNotFoundError: Error loading GMT shared library at 'libgmt.so'.
libgmt.so: cannot open shared object file: No such file or directory

解決方法

libgmt.soの場所を確認する。

$ gmt --show-library
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt.so

libgmt.soの名前を確認する。

$ ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt*
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt.so.6  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt.so.6.3.0

名前が異なる場合はシンボリックリンクを作成する。

$ cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu
$ sudo ln -s libgmt.so.6 libgmt.so

環境変数を設定する。

export GMT_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu

.bashrcなどに書き込むと良い。

動作確認

import pygmt
pygmt.show_versions()

これで情報が表示されればOK。