はじめに
PyGMTはanaconda環境で使うことが推奨されているが、pipでもインストールすることができる。
しかし、pipでインストールしたのみでは、エラーが発生するのでその解決方法を解説する。
インストール環境
- Ubuntu 22.04
- Python 3.10
- GMT 6.3.0（aptでインストール）
pipでインストール
ドキュメントにある通りに実行する。
pip3 install pygmt
記事執筆時（2022/5/3）ではPyGMT 0.6.1がインストールされた。PyGMTはバージョンにより、対応するPythonとGMTのバージョンが異なるので、注意すること。（リンク）
PyGMTをimportするとエラーが発生する。
import pygmt
エラー内容
pygmt.exceptions.GMTCLibNotFoundError: Error loading GMT shared library at 'libgmt.so'.
libgmt.so: cannot open shared object file: No such file or directory
解決方法
libgmt.soの場所を確認する。
$ gmt --show-library
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt.so
libgmt.soの名前を確認する。
$ ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt*
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt.so.6 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmt.so.6.3.0
名前が異なる場合はシンボリックリンクを作成する。
$ cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu
$ sudo ln -s libgmt.so.6 libgmt.so
環境変数を設定する。
export GMT_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu
.bashrcなどに書き込むと良い。
動作確認
import pygmt
pygmt.show_versions()
これで情報が表示されればOK。