DNA解析2 - 配列取得 memo

###フロー
Short Read Array配列取得 ⇨ Qualityチェック ⇨ トリミング

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###SRA
####検索

• NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov
• SRA -> 検索語(Canis lupus gut IBD等) -> Send results to Run selector。

+ ページ中ほどの、Accession List、RunInfo Tableをダウンロード。

####SRAファイル取得

> prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt --max-size 100GB

$HOME/ncbi/public/sra/へ保存される。

####Fastq形式へ変換

> fastq-dump --split-files ~/ncbi/public/sra/*.sra

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###クオリティチェック - FastQC

> fastqc SRR8512918.fastq
> open -a Safari SRR8512918_fastqc.html

項目: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis%20Modules/

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###トリミング
先頭と末尾から、クオリティー値が30未満の塩基を取り除く。
インストール: https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/qc/trimmomatic.html

> java -jar trimmomatic-0.33.jar PE -phred33 in1.fq in2.fq out1_paired.fq out1_unpaired.fq out2_paired.fq out2_unpaired.fq LEADING:30 TRAILING:30