ちょいと迷ったのでメモ起こし。
CircleCIにGitHubのアカウントでログインすると、自分のGitHubアカウントはGetting Startedに表示されているので、すぐにProjectを作ることができます。
一方でOrganizationのリポジトリを扱うには（ほんの）一手間が必要です。
CircleCI、右上の自分のアイコンからUser Settingsを選択します。
Account Integrationsの中にあるGitHubから、Check permissionsを選択します。
GitHubが開きます。アクセスしたいOrganizationを（に？）Grantします。
これでCircleCIのGetting StartedにOrganizationが追加されます。
解除する場合はGitHubでRevokeしましょう。