使う動画ファイルはh264/aacで3時間超ありファイルサイズにして6GB超ありますが、うち1か所をカットした動画を作るのに30秒ほどで完了しました。
Windows環境での作業を前提に記載しています。

準備

この記事ではffmpegというコマンドラインツールがインストールされ、パスが通っている状態での説明になっています。

（もし入っていない場合はffmpegのzipを入手して、解凍して、binフォルダを動画の作業フォルダにしてしまって、
以降のffmpegコマンドを./ffmpegコマンドとして読み替えるのが手っ取り早いです。）

適当な作業用フォルダにsource.mp4というファイル名で配置します。

そのフォルダの何もないところをShift+右クリックして、
（Windows11の場合）「Windowsターミナルで開く」を選択します。
（Windows10の場合）「PowerShellウィンドウをここで開く」を選択します。

ffmpegとコマンドを打ってバージョン情報などが出ることを確認します。

AパートBパートを切り出し

今回source.mp4の10秒～20秒の間を削除した動画を作りたいとして、カット部分より前をAパート、後ろをBパートとして2ファイルに切り分けます。

動画先頭～10秒地点までを video-A.mp4 として出力

ffmpeg -i source.mp4 -c copy -to 0:00:10 video-A.mp4

動画20秒地点～動画末尾までを video-B.mp4 として出力

ffmpeg -i source.mp4 -c copy -ss 0:00:20 video-B.mp4

ffmpegではここが少し手間で、結合したいファイルを列挙したテキストファイルをlist.txtとして設置します。

list.txt

file video-A.mp4
file video-B.mp4

テキストファイルが用意できたらAとBを結合したvideo-AB.mp4を生成します。

コマンド

ffmpeg -f concat -i list.txt -c copy video-AB.mp4

これで一部分をカットした動画が完成しました。

中間を切り出す時は-toと-ss両方指定します。

動画10分地点～20分地点までを video-B.mp4 として出力する

ffmpeg -i source.mp4 -c copy -ss 0:10:00 -to 0:20:00 video-B.mp4

list.txt側も3ファイル以上列挙されることになります。

あるいはvideo-AB.mp4をsource.mp4にリネームして同じ手順を実行することもできます。