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ArchLinuxでのR環境構築(備忘録)

Last updated at Posted at 2021-04-24

インストール(Intel MKLを使わない場合)

  • r: R本体
    • sudo pacman -S r
  • gcc-fortran: CRANパッケージをコンパイルする際に必要になることがある
    • sudo pacman -S gcc-fortran

インストール(Intel MKLを使う場合)

行列演算等を頻繁に行う場合は、MKLを使用することで高速に計算できる

  • intel-mkl: Intel math Kernel Library
    • yay -S intel-mkl
  • r-mkl: MKL対応(マルチスレッド対応&Intelプロセッサ向けに最適化)したR
    • yay -S r-mkl
    • 備考: 既にrがインストールされている場合、rは削除する
      • :: r-mkl と r が衝突しています。r を削除しますか? [y/N] -> y

確認

$ R

R version 4.0.5 (2021-03-31) -- "Shake and Throw"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 

R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 
'citation()' と入力してください。 

'demo()' と入力すればデモをみることができます。 
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 
'q()' と入力すれば R を終了します。 

> 

ok.

パッケージの更新

  • Rセッション内で更新: update.packages(checkBuilt=TRUE)
    • 以下のエラーが出たら、sudo chmod -R 777 /usr/lib/R/library で権限を変更し、再実行(私用PCのみ推奨)
      • 'lib = "/usr/lib/R/library"' は書き込み可能ではありません

VSCodeでの設定

  • VSCode拡張機能の導入
    • R
    • R LSP Client
  • R Language Serverのインストール
    • Rセッションでインストール: install.packages("languageserver")
  • radianのインストール
    • radian: リッチなシンタックスハイライトを備えたコンソール。ipythonやjuliaに似ているそう。
    • pipでインストール: pip install -U radian
    • [option] エイリアスを設定: alias r="radian"

Settingsへ反映

  • R › Rpath: <OS> に "通常" のRのパスを記述
    • 例: /usr/lib/R/bin/R
  • R › Rterm: <OS> には "radianを含む" Rのパスを記述
    • 例: /home/<username>/.local/bin/radian
  • グラフをVSCode内(同一ウィンドウ)に描画するため、r.sessionWatchertrue にしておく

テスト

  • VSCodeで簡単なコードを書いてみる
    • Ctrl + Enter: 現在の行を実行
    • Ctrl + Shift + Enter: ソースコード全体を実行
r$> # 一様分布から
r$> runif(5, min = -1, max = 1)
[1]  0.1438143  0.5091703  0.8834975 -0.4026284  0.8865723

r$> # 正規分布から
r$> rnorm(5, mean = 3, sd = 2)
[1] 3.31243677 3.23406731 0.06873435 2.11458855 4.96647989

r$> # 可視化
r$> plot(sin, -3 * pi, 3 * pi)

plot.png


簡単なコーディングの際はbashからr(radian)を用い、ガッツリ書くときはVSCodeで開発するようにする。

参考

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