R での解析に使用したパッケージ一覧を出力する

R での解析に使用したパッケージを記録しておくべき

Rが信頼性の高いソフトウェアであることは間違いありません、
しかし、公式リポジトリに登録されていて実績のあるパッケージであったとしても、バグが存在する可能性があります。
利用しているパッケージにバグが見つかった場合に備えて、使用したパッケージのバージョンを記録しておくことは重要です。

論文の査読者から要求される場合もあります。

バージョンを出力するコード

セッションで利用したパッケージのバージョン一覧を表示するコードです。
一連の解析の最後に実行してください。

R markdown を利用しているなら、最後に書き足しておくとよいと思います。

R

cat("Analysis is conducted using", R.version.string, "\n")

info <- sessionInfo()
packages <- c(info$otherPkgs, info$loadedOnly)
pkg_versions <- sapply(packages, function(pkg) paste(pkg$Package, pkg$Version))

cat("The script uses the following packages and versions:\n")
cat(pkg_versions, sep = "\n")

コードの説明

• R.version.string は、現在のRバージョンを文字列で表したものです
• sessionInfo() 関数を使って、現在のRセッションに関する情報を取得します
• info$otherPkgs と info$loadedOnly を結合して、ロードされているパッケージのリストを作成します
• sapply() 関数を使って、各パッケージの名前とバージョンを文字列で結合します

出力例

このスクリプトを実行すると、以下のような出力が得られます。
これは、生存期間に対する多変量解析 (Cox比例ハザード回帰) の例です。

Analysis is conducted using R version 4.4.0 (2024-04-24) 
The script uses the following packages and versions:
compiler 4.4.0
Matrix 1.6-5
survival 3.5-7
splines 4.4.0
grid 4.4.0
lattice 0.22-5

注意

• 一連のセッションで利用されたすべてのパッケージの情報が出力されます

  • 探索的な解析を行ったり、いくつかのパッケージを試して比較するなどした場合には、それらすべての情報が出力されます。すなわち、最終的な解析で使用したパッケージ以外の情報も含まれることがあります

• 出力されるパッケージ情報の順序は、ロードされた順序と異なる場合があります

  • これは、sessionInfo() 関数の仕様によるものです

• 同じパッケージが複数のバージョンでロードされている場合がある

  • パッケージの依存関係によっては、バージョンの異なる複数のパッケージがロードされている場合があります

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