Raspberry Pi の　mosquitto-clientsはバージョンが古いため、mosquitto.orgで公開されているdebをインストールする必要があります。
こちらに、その記述が
【Raspberry Pi】AWS IoTとRaspberry PiでIoTをやってみよう

wget http://repo.mosquitto.org/debian/mosquitto-repo.gpg.key
sudo apt-key add mosquitto-repo.gpg.key
get http://repo.mosquitto.org/debian/mosquitto-wheezy.list
sudo cp mosquitto-wheezy.list /etc/apt/sources.list.d/
sudo apt update
sudo apt install mosquitto-clients

IOT のブローカーの作り方は、こちらです。
AWS IOT の簡単な使い方

次が必要です。
　モノの証明書 r10001.cert.pem
　プライベートキー r10001.private.key
　ルート CA root-CA.crt

Publish コマンド
エンドポイントは変更して下さい。

mosquitto_pub --cafile root-CA.crt \
	--cert r10001.cert.pem --key r10001.private.key \
	-h "xxx00iq1d4m00.iot.ap-northeast-1.amazonaws.com" \
	-p 8883 -q 1 -d -t r10001/topic_1 -m "Hello World"

Subscribe コマンド
エンドポイントは変更して下さい。

mosquitto_sub --cafile root-CA.crt --cert r10001.cert.pem \
	--key r10001.private.key \
	-h "xxx00iq1d4m00.iot.ap-northeast-1.amazonaws.com" \
	-p 8883 -q 1 -d -t r10001/topic_1

エンドポイントの調べ方

aws iot describe-endpoint

追加
次のファイルを Publish するには

in01.json

{
  "greeting": "Hello World",
  "key1": "aaa",
  "key2": "bbb",
  "key3": "ccc"
}

mosquitto_pub --cafile root-CA.crt \
    --cert r10001.cert.pem --key r10001.private.key \
    -h "xxx00iq1d4m00.iot.ap-northeast-1.amazonaws.com" \
    -p 8883 -q 1 -d -t r10001/topic_1 -f in01.json