次のバージョンを使います。

tcpdf 6.3.2
FPDI 2.3.6
ライブラリーはフォルダー直下にあるとします。シンボリックリンクで構いません。

Ubuntu でのインストール

sudo apt install php-tcpdf

$ grep Version tcpdf/tcpdf.php 
// Version     : 6.3.2

FPDI のダウンロード

wget https://www.setasign.com/downloads/2921760/FPDI-2.3.6.tgz

入力は、A4 縦のPDF　です。

template.pdf
in01.pdf

pdf_overlap.php

<?php
// ---------------------------------------------------------------------
//	pdf_overlap.php
//
//						Jun/19/2018
//
// ---------------------------------------------------------------------
use setasign\Fpdi\TcpdfFpdi;

require_once('/usr/share/php/tcpdf/tcpdf.php');
require_once('FPDI-2.3.6/src/autoload.php');

$pdf = new TcpdfFpdi('L', 'mm', 'A4');

$pdf->setPrintHeader( false );    
$pdf->setPrintFooter( false );

$pdf->setSourceFile('template.pdf');
$pdf->AddPage('P', 'A4');
$pdf->useTemplate($pdf->importPage(1));

$pdf->setSourceFile('in01.pdf');
$pdf->useTemplate($pdf->importPage(1));
$pdf->Output();
// ---------------------------------------------------------------------
?>

実行コマンド

php pdf_overlap.php > out01.pdf