まるっとファイルをコピーしつつ、特定のファイルだけ除外する、みたいな処理。

wc -l で該当テキストの行数が出るので、それで判別すると確実。

#!/bin/sh

file="js/app/hoge.config.js"
dev="./dev/$file"
pre="./pre/$file"

if [ -e $pre ]; then
    mv $pre $pre.back
fi

cp -r ./dev/* ./pre

if [ -e $pre.back ]; then
    if [ -e $pre ]; then
        rm $pre
    fi

    mv $pre.back $pre
fi

if [ $(diff $pre $dev | wc -l) -ne 0 ]; then
    echo 'Maybe the file was modified.'
fi