まずは、User/practice/git を作ってそこにクローンさせる。

git-practiceにはindex.htmlとindex.jsがあるとする

git-practice
 |- index.html
 |
 |- index.js

cloneを行うと、User/practice/git/git-practiceが出来上がる。
htmlはUser/practice/git/git-practice/index.htmlのpathになる。

しかし、ピリオドをつけると
User/practice/git/のところにhtmlとjsが置かれる。
htmlはUser/practice/git/index.htmlのpathになる。

git clone 'https://github.com/dossy/git-practice .'
// シングルクォーテーションは不要

git直下にindex.jsを置くことができる

git
 |- index.html
 |
 |- index.js

参考記事：