トランザクションがコネクション切断時とかに、どういう挙動を示すか？調べてみました。

PHP＆MySQLのトランザクション関連の仕様ざっくりと

デフォルトでは、すべてのSQLがトランザクションを使用し、オートコミットする。（updateしたら即反映）

明示的に、beginTransactionした場合、そのコネクション上で行われた更新は、commit or rollbackメソッド実行時に一括で反映される。

また、beginTransaction中に接続が切断された場合、rollbackする。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/innodb-implicit-commit.html

他のRDBMSだと、コネクション切断時はデフォルトcommitだったりするときもあるので、挙動は確認したほうが良いと思います。

暗黙的コミットにも気をつける

13.3.3 暗黙的なコミットを発生させるステートメント

create tableなど、発行した時点で、既存トランザクションをcommitしてしまうので、オンラインで扱わないように。。。

PHPでのDB接続は、ラッパーモジュールを通して行う

mysqli、PDO_MySQL、そして mysql といった PHP 拡張モジュールは、Cクライアントライブラリの軽量なラッパーです。

ラッパーモジュールのコンパイル時に、Cのライブラリを指定するようです。デフォルトで同梱されているコンパイル済みモジュールでは、mysqlnd（MySQL Native Driver）が使われています。

一応、libmysqlclientというモジュールもあるようですが、マニュアルには、mysqlndが推しモジュールだと書いてありました。

PHP拡張モジュールmysqliとPDOの違い

MySQL用PHPドライバの概要 - どの API を使うか

ざっくりまとめると、違いは

php_pdo_mysql.dll

Laravelはこちらを使用
マルチDB対応している
サーバーサイドとクライアントサイドのprepared statementが利用可
圧縮プロトコルが利用不可
非同期クエリを利用不可

php_mysqli.dll

Mysqlオンリー
pdoよりも詳細な指定が出来る
サーバーサイドprepared statementのみ
圧縮プロトコルが利用可能
非同期クエリを利用可能

Laravelなどフルスタックフレームワークを使う場合、PDO使われている場合が多いと思います。（マルチDB対応するためそうなっているのかと。）

PHPではコネクションプーリングしない？

Laravelしか見ていないのですが、デフォルトではプーリングしない設定です。（コネクションをリクエスト毎に張って、リクエスト終了後切断する動作をする。）Mysqlの場合、接続コストが低いのと、プーリングしないほうがシンプルだからという話があるようです。
RDBMSでコネクションプールが必要な理由、わからない。

Java＆MysqlとNode.js＆MongoDBでは、設定部分でpoolingの話が出るので経験上設定するものだと思っていたのですが、PHPではそうでもないようですかね？劇的にパフォーマンスが変わらないなら、設定する必要も無いのでは？というのがファイナルアンサーのようですが。。。

Webシステムにおけるデータベース接続アーキテクチャ概論

コネクションプーリングの実装に習熟する暇がないなら、データベースのスケールアップやスケールアウトで解決するなら、それでよいと思っている。無理に難しいことをし始めて、トラブルシューティングに時間を浪費してしまうということもある。 MySQLのマスタのスケールアップが限界にきていて、コネクション数の上限にあたりそうな場合や、2~3桁のMySQLのスレーブ数のうち何割か台数を減らせる見込みがあるなら、コネクションプーリングを検討してもよいと思う。

プーリング方法

デフォルトプーリングしないけど調べたので書きます

PDO

$dbh = new PDO($dsn,$user,$password,array(PDO::ATTR_PERSISTENT => true));

Mysqli（Mysqlのみだが、非同期クエリやデータの）

http://php.net/manual/ja/mysqli.real-connect.php
$mysqlhost = "p:192.168.33.50";
$username = "takara";

IPの先頭にp:付ける仕様。分かりづらいですね。。。

Laravelでの指定方法

config\database.php
'mysql' => [
    'driver' => 'mysql',
    'host' => env('DB_HOST', 'localhost'),
    'port' => env('DB_PORT', '3306'),
    'database' => env('DB_DATABASE', 'hoge'),
    'username' => env('DB_USERNAME', 'hoge'),
    'password' => env('DB_PASSWORD', ''),
    'charset' => 'utf8',
    'collation' => 'utf8_unicode_ci',
    'prefix' => '',
    'strict' => true,
    'engine' => null,
    'options'   => [ // ここの部分！！隠しオプションっぽい。
        PDO::ATTR_PERSISTENT => true,
    ],
],

まとめ

PHP＆Mysqlの場合、コネクション切断時はrollbackなので大丈夫そう。
暗黙的なコミットを発生させるステートメントには気をつける
計測して価値がありそうならプーリングする

PHPとMysqlのコネクションについて調べてみた