はまった割に同じ事例を見つけられなかったので。

まず結論から先に書く。
s3fsで複数バケットにマウントしたい場合、
まず/etc/passwd-s3fsにバケット数分のパスワード情報を記述した上で、
マウント時のオプションにpasswd_file=/etc/passwd-s3fsを追記してやる必要がある。
以下詳細。

詳細手順

/etc/passwd-s3fsの記述

（まずそもそも、パスワードファイルの格納先は別に/etc/passwd-s3fs固定ではないけれども、簡単のため、/etc/passwd-s3fsにファイルを置くという前提で話を進める）
このファイルに複数のバケットのパスワード情報を記述したい場合、

bucketName:accessKeyId:secretAccessKey

のようにバケット名を含むパスワード情報を記述する。これを、下記のようにバケット数分記述する。

bucketName1:accessKeyId1:secretAccessKey1
bucketName2:accessKeyId2:secretAccessKey2

書き終わったら、/etc/passwd-s3fsの権限を変更する。/etc/passwd-s3fsの場合は640でいいらしい。

sudo chmod 640 /etc/passwd-s3fs

ファイルの設定は以上。ここまではマニュアルに明示されているので問題ないはず。

マウントの方法について

ここではまった。はまり方としては、bucketName1をs3fsでマウント（これは成功）し、次いでbucketName2をマウントしようとすると、下記のようなエラーが発生した。

s3fs: could not establish security credentials, check documentation

manやwikiを読んで試行錯誤した結果、パスワードファイルを明示してやらなければいけなかったらしい。

(NG)s3fs bucketName2 /mnt/s3 -o allow_other,use_cache=/tmp,uid=497,gid=497
(OK)s3fs bucketName2 /mnt/s3 -o allow_other,use_cache=/tmp,uid=497,gid=497,passwd_file=/etc/passwd-s3fs

以上。