ファイル操作をする前に、このページをチェック!というものが欲しかったので、書いてみました。
PHP関数を使ったファイル操作における注意事項
readdirについては、ファイルを再帰的に処理する場合に.と..を除外する必要がないか確認する必要があります。例えば、ディレクトリを丸ごと削除するような場合に、より深い階層を削除しているつもりが..を使って親ディレクトリへ制御が移ってゆき、場合によってはPHPファイルが自滅する場合もあります。。。
※追記:コメント頂いたようなクラス(SPL)を使った方法ではこの点をより安全に処理できるようです。
| 関数名 | 用途 | 注意点 | 
|---|---|---|
| readdir | エントリの取得 | opendir()後に使用。ファイル名の他に .(カレントディレクトリ),..(親ディレクトリ)も返す | 
| scandir | エントリ一覧の取得 | ディレクトリを指定して使用。ファイル名の他に .(カレントディレクトリ),..(親ディレクトリ)も返す | 
| rmdir | ディレクトリ削除 | 削除対象のディレクトリが空である必要がある | 
| glob | パスの検索 | パターンにマッチするパス名を検索 | 
他にも扱うファイルの名前が日本語の場合、上手く行かないことがあり、注意が必要との助言を頂きました。
使いやすいファイル操作関連関数
| 関数名 | 用途 | 
|---|---|
| is_dir | パスがディレクトリであるかどうか調べる | 
| is_file | パスがファイルかどうか調べる | 
| file_exists | パスに ファイルかディレクトリ が存在するか調べる | 
| unlink | ファイル削除 | 
| copy | ファイルコピー | 
| rename | ファイルの移動 | 
| basename | ファイルパスを渡した場合、ファイル名を返す | 
| dirname | ファイルパスを渡した場合、ディレクトリのパスを返す | 
| chmod | アクセス権限の変更(Unixシステム向け?) | 
| コメント頂いているように、 クラスを使った方法 も良いみたいです! | 
PHPマニュアルの気をつけたい用語
| 用語 | 意味 | 
|---|---|
| エントリ | ファイルやディレクトリーなどを総称してentry(エントリ)と言うらしい | 
| $filename | PHPマニュアルで$filenameと書かれている場合、ディレクトリも対象だったりする | 
| file | ファイルとディレクトリを総称してfileと呼ぶ事がある | 
PHPで使われる言葉はUNIXに関連しているというのがヒントだと思います。
関数の使用例(サンプルコード)
別記事にすべきかもしれませんが、量がないのでひとまずここに記載しておきます。
<?php
/**
 * ディレクトリの中身が空か判定
 *
 * @param string $dir_path ディレクトリまでのパス
 * @return bool ディレクトリが空の場合、true
 */
function isEmptyDir($dir_path) {
    return (count(glob($dir_path . "/*")) == 0);
}
クラスを使ってファイルの一覧を取得する (2015/05/19追記)
特定ディレクトリ以下のファイルのパス一覧を表示する
$iteratorIterator = new RecursiveIteratorIterator(new RecursiveDirectoryIterator("path/to/directory"));
foreach ($iteratorIterator as $pathName => $file) {
    var_dump($file);
    echo "{$pathName}\n\n";
}
特定ディレクトリ以下のjpgファイルのパス一覧を表示する
$iteratorIterator = new RecursiveIteratorIterator(new RecursiveDirectoryIterator("path/to/directory"));
$objects = new RegexIterator($iteratorIterator, '/^.+\.jpg$/i', RecursiveRegexIterator::ALL_MATCHES);
foreach ($objects as $pathName => $cur) {
    var_dump($cur);
    echo "{$pathName}\n\n";
}
この記事は今後も更新していこうと思います。