rubyistがpycallでpython::Dictデータで苦労した話

rubyistがpycallでpython::Dictデータで苦労した話

PyCall Ruby版
Tipsにほぼ完璧な対応報告がある．
さらに，numpy特有の記法

# 最後の行へのアクセス pythonだと m[-1,:] と書くところ

などと，rubyistにわかりやるいnumpyの解説まで付いている．

という風に簡単にできそうに見える．．．

複雑なデータ構造だとお手上げ

ところが，複雑なpythonのデータ構造を扱う時には
非常に苦労する．原因はdictのkeyがよくわからないから．
単純な文字を取る時にはいいが，少し複雑な文字ではうまく取れないようだ．

以下の通りにしてpymatgenにあるVasprun::tdosあるいは
Vasprun::compolete_dos などが取れる．

ところが，

p spd_dos = dosrun.complete_dos.get_spd_dos() とすると，

{<OrbitalType.s: 0>: <pymatgen.electronic_structure.dos.Dos
object at 0x102dd4710>, <OrbitalType.p: 1>:
<pymatgen.electronic_structure.dos.Dos object at 0x102dc2dd8>,
<OrbitalType.d: 2>: <pymatgen.electronic_structure.dos.Dos
object at 0x102d962b0>}

と出力される．これはspd_dos('OrbitalType.s')で取れそうに思うが
だめ．そこで，

p s_d = spd_dos.to_a[0][1].densities

として

array([  0.00000000e+00,   0.00000000e+00,   0.00000000e+00,
         0.00000000e+00,   0.00000000e+00,   0.00000000e+00,
...
      ])

python::arrayにして，さらに

s_list = PyCall::List.(s_d.to_a[0][1]).to_a

としてhashをarrayにしてvalsを取り出し，さらにそれをto_aでrubyが解釈できるdata構造に変換している．

慣れると同じcodeの繰り返しなんでそれほど苦労しなくなるが，
多分時間が経てば忘れるね．
そこをlibに組み込んで欲しいが，dictを直接読むのは文字だけのよう．．．
code書いて，pull reqかけてみるか．

densitiesやenergyはnameがわからないとどうしようもなくて，
これは，pymatgenのsource codeを読んで見つける．
どうもpycallを使うには，こういうのを繰り返す必要がありそうだ．

require 'pycall/import'
include PyCall::Import

pyimport :sys
pyimport 'numpy', as: :np
pyfrom 'pymatgen.io.vasp.outputs', import: :Vasprun

# dos
dosrun = Vasprun.("../dos_calc_fine/vasprun.xml")
e_object = (dosrun.tdos.energies - dosrun.efermi)
energy = PyCall::List.(e_object).to_a
spd_dos = dosrun.complete_dos.get_spd_dos()
spd = PyCall::Dict.(spd_dos)
s_d = spd.to_a[0][1].densities
s_list = PyCall::List.(s_d.to_a[0][1]).to_a
p_d = spd.to_a[1][1].densities
p_list = PyCall::List.(p_d.to_a[0][1]).to_a
d_d = spd.to_a[2][1].densities
d_list = PyCall::List.(d_d.to_a[0][1]).to_a
tdos = dosrun.tdos.densities
t_list = PyCall::List.(tdos.to_a[0][1]).to_a

require 'numo/gnuplot'
Numo.gnuplot do
  set yrange: '[-10:10]'
  plot [s_list, energy, w: :l, title: 's'],
  [p_list, energy, w: :l, title: 'p'],
  [d_list, energy, w: :l, title: 'd'],
  [t_list, energy, w: :l, title: 'total']
end