自分だけかもしれないのと需要がなさそうですが、一応メモとして書き記しておこうと思います。
先日、VSCodeを1.31.1にバージョンアップしたら、settings.json開いたときの見え方が変わっていました...!
どうやらデフォルト設定が変わったみたいです。

以前までのsettings.jsonを開いたときと起こっていた事象

いままではユーザー設定、ワークスペース設定のsettings.jsonを開くと下の画像のようにデフォルト設定もスプリットで見えていていたはずなんですが......。

これがアップデートしたらこんな表示に変わってしまってました！
自分が設定したものだけ見えている感じです。

デフォルト設定がどうなってるか見えないので、追加で設定変更したいとき少し困るなと感じました。
公式を都度見ろよ！って話ですが、、、。
以前の使い勝手が良いなと思っているので、前みたいな表示に戻します。

解決策

公式Updates January 2019のUse simple text editor for editing settings as JSONを見てみると「分割されたJSONエディターの代わりに単純なJSONエディターが表示されます」みたいなことが書かれていました。

さらに少し先をみると以前のような左側にデフォルト設定がある分割されたJSONエディターに戻したいなら、
workbench.settings.useSplitJSONをアクティブにしてあげれば良いみたいです。

ユーザー設定のsetting.jsonにworkbench.settings.useSplitJSON: trueを加えるだけです。

settings.json

{
  "guides.enabled": false,
  "workbench.colorTheme": "Monokai",
  ...
　　　　...
  // 以下を追記する
  "workbench.settings.useSplitJSON": true
}

設定の検索で"workbench settings"で絞り込むと画像のような表示になるので、一番下のWorkbench　›　Settings: Use Split JSONにチェックを入れるだけです。

普段からGUI使っている人はさほど意味のないことかもしれませんが、いままでJSONでエディター設定をいじっていたのでこの変更は一瞬困惑しました。でも、すぐに以前のものに戻せたのでまぁ良かったです。