Docker for Windows の設定でドライブ毎の共有設定をしないと、volume で指定したホストのフォルダは見えても、ファイルが見えないようです。
以下では、まずは現象を確認します。
その後、設定変更したのちに解消したことを確認します。
設定前
ホスト
> dir /w
[.] [..] hoge.go
コンテナ起動 & 現象を確認
>docker run --rm -it -v //c/_devel/gopath/src/my/hoge:/go/src/app golang:1.6-onbuild bash
root@4c49fa09a4fc:/go/src/app# ls
root@4c49fa09a4fc:/go/src/app#
hoge.go があるはずなのに…
設定後
設定
コンテナ起動 & 解消したことを確認
> docker run --rm -it -v //c/_devel/gopath/src/my/hoge:/go/src/app golang:1.6-onbuild bash
root@f6a9390777dc:/go/src/app# ls
hoge.go
root@f6a9390777dc:/go/src/app#
今度は、きちんとファイルが見えていますね。