原因はユーザープロファイルのテンプレートフォルダにコピーできない許可設定のファイルがあったから。

Users\Default\以下にあるコピーできないファイルのアクセス許可を"継承の有効化"で解決。

イベントログ
ソース:User Profile General ID:1509

ファイル \\?\C:\Users\Default\AppData\Local\Microsoft\VSCommon\12.0\SQM\sqmdata-5452-039-00000.sqm を \\?\C:\Users\TEMP\AppData\Local\Microsoft\VSCommon\12.0\SQM\sqmdata-5452-039-00000.sqm にコピーできません。ネットワークの問題が発生しているか、セキュリティの権限が不足していることが原因と考えられます。

 詳細 - アクセスが拒否されました。

ソース:User Profile Service ID:1511

ローカルのプロファイルが見つかりません。一時プロファイルでログオンしています。このプロファイルへの変更はログオフ時に失われます。

ソース:User Profile Service ID:1500

プロファイルを読み込めないためログオンできません。ネットワークに接続していること、およびネットワークが正しく機能していることを確認してください。

今回は発覚したのが新しいアプリケーションプールの追加だっただけで、問題はIIS,WASとは関係ない。
アプリケーションプールの実行アカウント設定がApplicationPoolIdentityの場合はアプリケーションプールごとにIIS APPPOOL\[name]というアカウントが作られる。そのときにコピー出来ないファイルがあったからワーカープロセスが起動できなくなっていた。

ソース:WAS ID:5022

Windows プロセス アクティブ化サービスでは、アプリケーション プール 'app1' のワーカー プロセスの作成に失敗しました。データ フィールドにはエラー番号が含まれています。

ソース:WAS ID:5002

アプリケーション プールを提供しているプロセス内での一連のエラーのため、アプリケーション プール 'app1' は自動的に無効になっています。

参考にした
New user gets event 1509 after deploying IE9/10/11 packaged by IEAK
Case of the User Service Service Failed The Logon