背景
Claude DesktopからGitHubリポジトリを読み書きするには、MCP（Model Context Protocol）経由でGitHub連携を設定します。Web版のGUI設定（5分）と比べてJSON編集が必要になる分ハマりどころがあるため、手順とスコープ設計を整理します。
1. Personal Access Token（PAT）の作成とスコープ
GitHub Settings - Tokens → Generate new token (classic)
最小限の推奨スコープ：
repo (Full control of private repositories)
└─ すべてのサブ項目も自動的にチェックされる
read:org (Read org and team membership)
└─ Organizationのリポジトリにアクセスする場合のみ
Issue/PR作成などGitHub Actionsのワークフロー自体を編集する場合のみ、workflowスコープを追加します。必要以上に広いスコープを与えないのがポイントです。
トークンは作成時に一度しか表示されないため、パスワードマネージャーへの保存が必須です。
2. claude_desktop_config.jsonへの設定
設定ファイルの場所はOSごとに異なります。
Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json
記述内容：
{
"mcpServers": {
"github": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-github"],
"env": {
"GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN": "ghp_YOUR_TOKEN_HERE"
}
}
}
}
ghp_YOUR_TOKEN_HEREを実際のトークンに置き換え、Claude Desktopを完全終了してから再起動すると反映されます。
3. 動作確認と失敗時の切り分け
✅ 成功: 🔨 ハンマーアイコンが表示される
❌ 失敗: 「Could not connect to MCP server」エラー
失敗した場合の主な原因は2つです。
-
Node.js未インストール／PATH未設定:
node --version・npm --versionが通るか確認 - JSON構文エラー: JSONLintなどで検証。カンマ・括弧・クォートの対応を確認
「ハンマーアイコンは出るがトークンが無効」というケースは、トークンの期限切れかrepoスコープの付け忘れが原因になりがちです。
4. Web版とDesktop版のMCP機能差
Web版: Max/Team/Enterpriseプランのみリモートベータ提供
Desktop版: 全有料プランで完全対応、12,000以上のツールと連携可能
Web版のGitHub連携は「プロジェクトへのリポジトリ追加（閲覧のみ）」に留まりますが、Desktop版のMCPはファイルの読み書き・Issue/PR作成まで行えます。GitHub操作の頻度が週4回を超えるなら、Desktop版のMCP設定に投資する価値があります。
5. トークン消費の違い
Web版: 通常5,000〜15,000トークン/メッセージ
Desktop版: 初回10,000〜85,000トークン（MCPツール定義分）、以降はWeb版とほぼ同じ
Desktop版は初回にMCPツール定義を読み込むため消費が多く見えますが、2026年に追加されたTool Search（Lazy Loading）機能により、実際に使うツールだけを動的に読み込むことでコンテキスト使用量を最大95%削減できるようになっています。
まとめ
Desktop版のGitHub MCP設定で押さえるべきは、PATスコープをrepo中心に絞ることと、JSON構文エラーを事前にLintで潰すことの2点でした。Web版との使い分け基準や具体的な活用シーンは元記事にまとめています。