ものすごい勘違いをしていたので全面的に書き直しました。
以前はAlfred Workflowで無理やり実現していました。

動機

Karabinerの__SimultaneousKeyPresses__素晴らしい
- アルファベットキーの同時押しとかを他のキーコンビネーションにリマップできる
- いっぱい作れるし語呂合わせとかで覚えやすい
- ホットキー枯渇問題への強力な回答！
これをアプリ起動のショートカットとして利用したい

ドキュメントは読もう（戒め）

Karabiner - OS X用のソフトウェア

全部ここに書いてあるけどいちおう解説します。

概要

Karabinerは基本的にはキーリマップアプリですが、private.xmlでvkopenurldef要素を記述することにより、追加のKeyCodeを定義することができます。

KeyCodeの実行結果としては、以下のものを定義することができます。

URLを開く
ファイルを開く
シェルスクリプトを実行する

つまり、ほぼなんでもできると言ってよいです。これにキーコンビネーションを割り当てることで、複雑な処理をホットキー一発で実行できます。

アプリケーションをトグルするAppleScriptを用意する

アプリケーションランチャとして利用するために、汎用的なランチャースクリプトを用意しておきます。

~/bin/osascript/toggleapp.scpt

on run argv
	set appName to (first item of argv)

	set appID to bundle identifier of (info for (path to application appName))
	tell application "System Events"
		if not (exists process appName) then
			tell application appID to activate
		else
			if frontmost of process appName then
				set visible of process appName to false
			else
				set frontmost of process appName to true
			end if
		end if
	end tell
end run

Quick tip: AppleScript application toggle - BrettTerpstra.com

private.xmlの例

itemの子要素として、vkopenurldef要素と、それに対応するautogen要素を記述します。

private.xml

<?xml version="1.0"?>
<root>
  <item>
    <name>launcher</name>
    <identifier>karabiner_launcher</identifier>
    <vkopenurldef>
      <name>KeyCode::VK_OPEN_URL_SHELL.toggle.Finder</name>
      <url type="shell">
        <![CDATA[ osascript ~/bin/osascript/toggleapp.scpt Finder ]]>
      </url>
    </vkopenurldef>
    <vkopenurldef>
      <name>KeyCode::VK_OPEN_URL_SHELL.toggle.System_Preferences</name>
      <url type="shell">
        <![CDATA[ osascript ~/bin/osascript/toggleapp.scpt "System Preferences" ]]>
      </url>
    </vkopenurldef>
    <vkopenurldef>
      <name>KeyCode::VK_OPEN_URL_SHELL.todotxt</name>
      <url type="shell">
        <![CDATA[ osascript ~/bin/osascript/togglefile.scpt TaskPaper /Users/catfist/Dropbox/todo/todo.txt ]]>
      </url>
    </vkopenurldef>
    <autogen>
    <autogen>
    <!-- finder -->
      __SimultaneousKeyPresses__
      KeyCode::F, KeyCode::D,
      KeyCode::VK_OPEN_URL_SHELL.toggle.Finder,
      Option::SIMULTANEOUSKEYPRESSES_STRICT_KEY_ORDER
    </autogen>
    <autogen>
    <!-- System Preferences -->
      __SimultaneousKeyPresses__
      KeyCode::S, KeyCode::P,
      KeyCode::VK_OPEN_URL_SHELL.toggle.System_Preferences,
      Option::SIMULTANEOUSKEYPRESSES_STRICT_KEY_ORDER
    </autogen>
    <autogen>
  </item>
</root>

この場合、例えば、「sを押しながらpを押す」ことで、システム環境設定をトグルすることができます。

もちろん、AppleScriptの内容を全部private.xmlに書いてもよいです。

謝辞

コメントいただいたrinopoさん、ありがとうございました。