分からん。
だが解決した。

anthy

をInstallしたら、[|]...AE13 キーを入力しても
ちゃんと長音「ー」が入力される様になった。
でも原因は分からない。

MozcのDefaultだと、かな入力で長音「ー」を入力する時、 [SHIFT]を押さないと「ー」が入力されない。キーボードのキーの印刷では[SHIFT]無しの位置に書いてあるし、Windowsでも[SHIFT]無しだ。(Macでも)

色々やった。
/usr/share/X11/xkb/symbols/jp
も編集したりしたが、しかし既にちゃんと
prolongedsound
と書いてある。