uv で PyRadiomics を簡便にインストールする

Windows11・PowerShellでの手順

【注意】インストールバージョンの表記の問題について

※公式サイトでのPyRadiomics最新バージョンが3.1.0ですが、今回インストールされたバージョンは"3.1.1.dev111+g8ed579383"となりました。このあたりを含め"3D Slicer Community"に問合せスレッドを立てていたのですが、結果的に自力で解決しました。
https://discourse.slicer.org/t/pyradiomics-3-1-1-dev111-g8ed579383-is-it-safe/47416/2
pyproject.toml の仕様に基づく、uv の動的バージョン管理によるもののようであり、今回のようにGitHubからダウンロードしてpyproject.tomlに基づくインストールを行えば、自動的にバージョン番号が発番される仕組みのようです。
How to add dynamic versioning to uv projects

使用可能なPythonのバージョンについて

pyproject.toml内にはrequires-python =">=3.9"と記述されており、予めpythonがインストールされていなくても大丈夫なようです。特定バージョンにこだわる場合には設定を固定する必要があるかもしれませんが、Python 3.13 でも無事に動いています。

セキュリティ対策のために修正した方が良い場所（2026.07.16)

pyproject.toml内の
requires-python =">=3.9"
を
requires-python =">=3.10"
に修正したほうが良いでしょう。修正前には後述するuv auditにて（インストールされていないファイル類に対する）セキュリティ脆弱性が多数リストアップされましたが、上記の修正で出力されなくなります。

【予めインストール必要なソフト類】

• uv: 参考URLの#1などを参照し、インストールしておきましょう。
  ※利用したバージョン：uv 0.11.21 (5aa65dd7a 2026-06-11 x86_64-pc-windows-msvc)
• git: 参考URLの#2などを参照し、インストールしておきましょう。
  ※利用したバージョン：git version 2.47.1.windows.1
• visual studioのc++ CMake関連：参考URLの#3など参照。こちら、初版で抜けていました。別環境でcmake関連エラー出たので必要なことが分かりました。必要最小限の構成情報を追記しておきます。

▶▶【C++ CMake関連のダウンロード・インストール詳細】

Build Tools for Visual Studioから「Build Tools for Visual Studio ****」のインストーラーをダウンロードし、実行して最低限のファイル（3つ）をインストール
https://visualstudio.microsoft.com/ja/downloads/
→　[すべてのダウンロード]
→　Tools For Visual Studio
→　Build Tools for Visual Studio 2026
→　【ダウンロード】後、インストーラー実行
→　「C++によるデスクトップ開発」を選択し、「x64/x86 用 MSVC ビルドツール」、「Windows 11 SDK」、「Windows 用 C++ CMake ツール」の3つを最低限選択してインストール

git cloneするとpyproject.tomlが含まれていたので、uv syncしただけです。（判る方は以下不要ですが、目から鱗でした。）

【はじめに】

PyRadiomicsをインストールする方法は公式サイトを含め、様々記述されていますが、いずれも失敗に終わり、苦労しました。最も簡単にuv使ってインストールする方法が判りましたので備忘録としておきます。
※3D-Slicerの組み込みとしては問題無く入れることができていたのですが、PyRadiomics単体として確認したい事項が多くあったため、単体でのインストールを試みてきたところです。

※PyRadiomicsの最新のバージョンは、現在、AIM-Harvard / pyradiomics にあります。
https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics

【手順】

1.　GitHubのpyradiomicsをGit Clone

git clone https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics.git

2.　ダウンロードしたpyradiomicsフォルダに入る

cd .\pyradiomics\

Masterブランチからローカル用のブランチに切り換える

リモートリポジトリからのクローンにてMasterブランチのまま直接作業すると、ややこしくなり易いので、pyradiomicsフォルダに入ったら、下記を実行してローカル用のブランチに切り換えて以降の処理を行う方が良い。（git branchで切り換えを確認）

git switch -c [local用のブランチ名]
git branch

3.　pyproject.toml ファイルが存在することを確認する。（内容も確認しておく）

ls もしくは　ls pyproject.toml

▶▶【実行結果】

4.　予めマルウェア対策のため環境変数を設定する

※環境変数の名前を間違っていたので修正しました（2026.06.19, 22:02）

一時的な設定（続けてuv sync実行可能）

[System.Environment]::SetEnvironmentVariable('UV_MALWARE_CHECK',1)

▶▶【ユーザ単位での恒久的な環境変数設定方法】

ユーザ単位での恒久的な設定・方法1（PowerShell閉じて開き直さないと反映されない）

[System.Environment]::SetEnvironmentVariable('UV_MALWARE_CHECK',1,'User')

ユーザ単位での恒久的な設定・別法2（PowerShell閉じて開き直さないと反映されない）

cmd /c setx UV_MALWARE_CHECK 1

5.　uv sync を使ってインストールする

uv sync

▶▶【実行結果】

6.　インストール結果を uv pip list で確認する。

uv pip list

▶▶【実行結果】

※今回、pyradiomicsは「3.1.0」ではなく、「3.1.1」でインストールされた。

7.　コマンドラインで実行可能な「pyradiomics.exe」も含まれており、下記にある。

ls pyradiomics\.venv\Scripts

▶▶【実行結果】

8.　コマンドラインからのpyradiomics.exe等の利用（2026.06.23 変更）

uvで構築したフォルダ（今回はpyradiomics内）にて.venv\Scripts\activateすれば.venv仮想環境が立ち上がり、パスが通った状態で利用できる。
※作業終了時はdeactivateしておく。

.venv\Scripts\activate
pyradiomics -h

公式ドキュメントサイトの使用法を参考にして、uv run pythonにてインタラクティブに手持ちサンプルの解析を行わせた。
https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

▶▶【実行結果・例】

9.　ipynbファイルをVS-Codeにて利用する場合

uv add ipykernelを行い、pyproject.tomlの更新を含めてインストールすれば良い。
※Python 3.12ではPyRadiomicsのバージョンは変化しなかったが、Python 3.13では何故だかpyradiomics 3.1.1.dev113+g44ba70cad.d20260623に変化した。

▶▶【ipykernelインストール時の画面】

10.　ipynbファイルのVS-Codeでの動作例

カーネルには.venv\Scripts\python.exeを選択すること。
pyradiomicsインストールフォルダ直下に作業用ディレクトリ作ってその内部に.pyファイルや.ipynbファイルを作り動作させることが可能。

▶▶【VS-Codeの実行画面】

11.　.gitignoreへの追加

git cloneしたディレクトリにてVS-Code利用すると余計なコミットが発生するので.gitignoreに下記を追加。

.gitignore末尾への追加項目

# Ignore local test
uv.lock
workspace/

※時代が時代なので、念のため、時々はマルウェアチェックを行う方がよいでしょう。

uv audit

※こちらにて下記のようなセキュリティ脆弱性の指摘が出力されていましたが、pyproject.tomlにて
requires-python =">=3.9"
を
requires-python =">=3.10"
に変更することで問題の指摘は出なくなりました。

▶▶セキュリティ警告（例）

セキュリティ警告

Found 14 known vulnerabilities and no adverse project statuses in 139 packages

Vulnerabilities:

filelock 3.19.1 has 4 known vulnerabilities:

- GHSA-qmgc-5h2g-mvrw: filelock Time-of-Check-Time-of-Use (TOCTOU) Symlink Vulnerability in SoftFileLock

  Fixed in: 3.20.3

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2026-22701

- GHSA-w853-jp5j-5j7f: filelock has a TOCTOU race condition which allows symlink attacks during lock file creation

  Fixed in: 3.20.1

  Advisory information: https://github.com/tox-dev/filelock/security/advisories/GHSA-w853-jp5j-5j7f

- PYSEC-2026-1374: filelock Time-of-Check-Time-of-Use (TOCTOU) Symlink Vulnerability in SoftFileLock

  Fixed in: 3.20.3

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2026-22701

- PYSEC-2026-1375: filelock has a TOCTOU race condition which allows symlink attacks during lock file creation

  Fixed in: 3.20.1

  Advisory information: https://github.com/advisories/GHSA-w853-jp5j-5j7f

pydicom 2.4.4 has 2 known vulnerabilities:

- GHSA-v856-2rf8-9f28: pydicom has a path traversal in FileSet/DICOMDIR ReferencedFileID allows file access outside the File-set root

  Fixed in: 3.0.2, 2.4.5

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2026-32711

- PYSEC-2026-2266: No summary provided

  Fixed in: 3.0.2

  Advisory information: https://github.com/pydicom/pydicom/releases/tag/v3.0.2

pytest 8.4.2 has 2 known vulnerabilities:

- GHSA-6w46-j5rx-g56g: pytest has vulnerable tmpdir handling

  Fixed in: 9.0.3

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2025-71176

- PYSEC-2026-1845: pytest has vulnerable tmpdir handling

  Fixed in: 9.0.3

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2025-71176

requests 2.32.5 has 2 known vulnerabilities:

- GHSA-gc5v-m9x4-r6x2: Requests has Insecure Temp File Reuse in its extract_zipped_paths() utility function

  Fixed in: 2.33.0

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2026-25645

- PYSEC-2026-2275: No summary provided

  Fixed in: 2.33.0

  Advisory information: https://github.com/psf/requests/releases/tag/v2.33.0

urllib3 2.6.3 has 4 known vulnerabilities:

- PYSEC-2026-142: No summary provided

  Fixed in: 2.7.0

  Advisory information: https://github.com/urllib3/urllib3/security/advisories/GHSA-mf9v-mfxr-j63j

- PYSEC-2026-141: No summary provided

  Fixed in: 2.7.0

  Advisory information: https://github.com/urllib3/urllib3/security/advisories/GHSA-qccp-gfcp-xxvc

- GHSA-mf9v-mfxr-j63j: urllib3: Decompression-bomb safeguards bypassed in parts of the streaming API

  Fixed in: 2.7.0

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2026-44432

- GHSA-qccp-gfcp-xxvc: urllib3: Sensitive headers forwarded across origins in proxied low-level redirects

  Fixed in: 2.7.0

  Advisory information: https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2026-44431 

12.　教育用にフォークしたpyradiomics_edu

オリジナルサイトでのインストール関連の説明問題など、各種の問題を含めて、教育用に改変しつつあります。
作業中ですが、こちらを利用するのも良いでしょう。テスト・作業用、ならびに教育用コンテンツは現状workspaceフォルダ内部に閉じ込めるようにしています。
https://github.com/aujinen/pyradiomics_edu

【参考URL】

1. uvインストールとPATH設定のやさしい解説（PowerShellとCMD両対応）
   https://note.com/youpapalife/n/na3bdb65e8d18
2. Gitのインストール方法(Windows版)
   https://qiita.com/takeru-hirai/items/4fbe6593d42f9a844b1c
3. Visual Studio で C と C++ のサポートをインストールする
   https://learn.microsoft.com/ja-jp/cpp/build/vscpp-step-0-installation?view=msvc-170
4. 【備忘録】 uvでpyradiomicsがインストールできないのを解決してみた
   https://qiita.com/study0207sodai/items/3868e41973f3693f33e6
   こちらのサイトの記述が古く、該当するファイル類がgit cloneしたフォルダ内に見つかりませんでした。しかしながら、見つからないファイルの代わりにpyproject.tomlの存在に気づくことができました。
5. 【uv 新機能】依存関係の脆弱性＆マルウェアをuv単体で自動チェックできる時代が来た
   https://note.com/zephel01/n/naff860a6fa93
6. 環境変数の設定関連（下記の簡略版）
   https://qiita.com/m10k1/items/ee9bbbfc087918e94e46
7. 環境変数の設定関連（マイクロソフト）
   https://learn.microsoft.com/ja-jp/powershell/module/microsoft.powershell.core/about/about_environment_variables?view=powershell-7.6