セキュリティグループに付与するルールはデフォルト60個までですが、AWS側に申請を行うことで増やすことが出来ます。
しかし、ネットワークインターフェイスのセキュリティグループの数 * 各セキュリティグループのルール数を超えた申請は出来ません。
https://aws.amazon.com/jp/premiumsupport/knowledge-center/increase-security-group-rule-limit/
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/vpc/latest/userguide/amazon-vpc-limits.html#vpc-limits-security-groups
Trusted Advisor のパフォーマンス
EC2 セキュリティグループルールの増大
EC2 インスタンスセキュリティグループルールの増大
Service QuotasのAmazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC)の下記値を乗算した値が1000を超えない申請であればOK
Inbound or outbound rules per security group
Security groups per network interface