JSON_INSERT, JSON_REPLACE, JSON_SETを使い、ドット(.)でネストを指定できる
UPDATE table_name SET json_column = JSON_INSERT(json_column, "$.nestedField.Id", "value of id")
ちなみにbulk updateではこのように書ける
UPDATE table_name SET json_column = ELT(FIELD(id, 'id1', 'id2'), JSON_INSERT(json_column, '$.nestedField.Id', 'nestedFieldId1'), JSON_INSERT(json_column, '$.nestedField.Id', 'nestedFieldId2')) WHERE id IN ('id1', 'id2')