　mariabackup が Mroonga のファイルに対応していなくて不便だったので、とりあえずpatchを作ってみた。
　作成元は mariadb-10.1.31.tar.gz 。

files/patch-extra_mariabackup_backup_copy.cc

--- extra/mariabackup/backup_copy.cc.orig       2018-02-04 11:30:30.000000000 +0900
+++ extra/mariabackup/backup_copy.cc
@@ -2044,6 +2044,15 @@
                if (!pname)
                        pname = info.name;

+               /* copy mroonga files */
+               const char *mrn_file = ".mrn";
+               if (strstr(pname, mrn_file) != NULL) {
+                       ret = copy_file(ds_data, info.name, info.name, 1);
+                       if (!ret) {
+                               break;
+                       }
+               }
+
                /* Copy aria log files, and aws keys for encryption plugins.*/
                const char *prefixes[] = { "aria_log", "aws-kms-key" };
                for (size_t i = 0; i < array_elements(prefixes); i++) {

　datadir内のファイルをコピーをしている部分があったので、ファイル名に".mrn"が含まれている場合もコピーするようにしてみた。コピーしたあとはcontinueとかしたほうがいいような気もする。
（あと、aria log等をcopy_file()してるとこでretのチェックしてるけど、forの外でもbreakしなくていいのかはちょっと気になった）

補足

　ロックの状態等によっては上記の修正ではNGかも？　と思ってソースを確認したところ、いちおうロック取得後に実行されている模様。
（backup_start()内で、lock_tables() の後でbackup_files()及びbackup_files_from_datadir()が実行されていた。上記はbackup_files_from_datadir()内の修正）

補足2

　xtrabackup2.3も同様に対応できるんじゃないかと思ったのですが、backup_copy.ccにbackup_files_from_datadir()に相当する部分がなかったので、そこも作る必要がありそうでした。
（mariabackupと同様の処理をするように修正すれば動きそうではありますが）