例えばUsersテーブルにUserInfoテーブルが紐付いていて、prefecture_id=2で名字が佐藤か工藤の1名をFindしたいときは下記のようになります。
useで$prefecture_idをわたしてあげるのがミソです。
UsersController.php
$prefecture_id = 2;
$user = $this->Users->find()->contain(
['UserInfo' => function($q) use ($prefecture_id) {
return $q->where(['UserInfo.prefecture_id' => $prefecture_id]);
}])
->where([
'Users.last_name IN' => ['佐藤', '工藤']
])
->first();
かんたんですね。