JavaのアプリケーションでGC関連の調査を行う際は、GCログを吐き出させてログをGC Viewerなどで分析すると思います。
ただ分散処理環境のyarnでは、実行環境が分散している関係上設定方法に少し癖があります。
今回はYARNで実行されるSparkから具体的なGCログの取得方法について説明します。

SparkにGCログを出力させる

spark-submitを行う際に書きのオプションを渡すことでexecutorのJVMにGCログを出力させることができます。
driverの場合も似た感じで渡せます。

spark2-submit \
    --conf "spark.executor.extraJavaOptions=-verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps" \
    --class ExampleSparkMain \
    ExampleSpark.jar

Spark executorの標準出力を取得する

GCログはexecutorの標準出力に出力されます。
yarn.log-aggregation-enableが有効になっていれば
Sparkを実行しているノードのローカルに出力されます（Spark Web UI上からアクセスする事もできる）。

ローカルへの出力ディレクトリですがyarnのyarn.nodemanager.log-dirsという値で設定が行われているので下記の方法で確認を行います。

yarn-site.ymlを見る
hdfs getconf -confKey yarn.nodemanager.log-dirsでパラメータを取得

自分が試した環境はCDH5だったのですが、/etc/hadoop配下のyarn-site.ymlには記載がなく、CDHがインストールされているディレクトリのyarn-site.ymlを読むことでディレクトリが判明しました。

ディレクトリ配下のstdoutというファイルにgcログが出力されているのでこれをgc viewerなどで読み込ませます。