ちょっと手こずったので。原因は至極単純だったので完全に備忘録用です。
結論
Pivotを調整する。
起きた問題
SpriteModeをMultipleにして、CustumでSliceしたSpriteをTileにしようとしたら、TilePaletteにTile画像が表示されなかった。Inspectorで確認すると、確かにTileが格納されてあるが、画像はやはり表示されず、使ってもScene上にも表示されなかった。
解決方法
SpriteEditorを確認したところ、SliceしたSprite一つひとつのPivotがCustomの状態になっていた。Centerに直してみたところ、ちゃんと画像がTilePalette上に表示されるようになった。