Sublime Text 2上でSFTP/FTPを使うときに、SFTPプラグインをインストールしたのですが、
サーバーにアクセスする際にパスワードではなく、秘密鍵(.pemとか)でログインする方法です。

以外とすんなり設定出来なかったので、手順をまとめました。

1. Configファイルを作成する

プロジェクトフォルダのコンテキストメニュー（右クリック）から、"SFTP/FTP > Map To Remote"を選択する。するとプロジェクトフォルダ内に、"sftp-config.json"ファイルが作成されます。

2. 秘密鍵を準備する

サーバーにSFTPでログインするための秘密鍵を、適当な場所に用意します。
その際、秘密鍵のファイルのパーミッションが、 自分だけだ読み取れる状態(=0400) になっているか確認します。（なっていないとログインに失敗します。）

パーミッションの変更は、例えばMacであれば以下のようになります。

$ chmod 400 xxxx.pem

3. Configファイルを設定する

秘密鍵の準備が出来たら、Configファイルを編集します。
設定ファイルの内容は、ほとんどデフォルトで問題ないと思いますが、下記だけは設定が必要です。

{
    ....
    "host": "exsample.com",
    "user": "user name",
    //"password": "password",      パスワードはコメントのままにします
    "port": "22",
    "remote_path": "path",
    ....
    "sftp_flags": ["-o IdentityFile=~/path/xxx.pem"],
    ....
}

最後の"sftp_flags"プロパティの"IdentityFile"に、ローカルの秘密鍵のパスを設定します。
これで秘密鍵を使って、サーバーにSFTP接続出来ます。